Hinzufügen von Zeilennamen zu Heatmap mit Heatmaply

Question

Ich zeichne eine Heatmap einiger Genexpression in Rstudio, aber die Zeilennamen (die Proben oder Gen-Namen sein sollten) werden durch Zahlen ersetzt. Ich habe some posts überprüft aber keine Chance. sorry, wenn es sich um eine einfache Frage oder duplizieren, ich bin neu in R.

Hier ist mein R-Skript ist:

############################################################### 

library(heatmaply) 

filename <- "TFzebra-TMM-name.matrix" 

head(filename) 

my_data <- read.table(filename, sep='\t', quote='', stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) 
head(my_data) 
dim(my_data) 
nrow(my_data) 
ncol(my_data) 
row.names(my_data) <- my_data$samples 
head (my_data) 
my_data <- my_data[, -1] 
head(my_data) 
data <- my_data/rowSums(my_data) 
my_matrix <- as.matrix(data) 

heatmaply(data, xlab = "Features", ylab = "Transcription Factors", 
      scale = "column", 
      main = "Data transformation using 'scale'", 
      margins = c(60,100,40,20)) 

HINWEIS:

> head (my_data) 
    samples J1 J2 J3 H1 H2 H3 
1 zf-C2H2 0.00 0 0 0.507 0.232 0.540 
2  baz2a 0.00 0 0 0.355 0.342 0.132 
3 baz2ab 0.00 0 0 0.091 0.070 0.163 
4 kdm5ba 0.00 0 0 1.835 0.856 1.527 
5  dbpa 0.00 0 0 5.344 5.355 0.000 
6 LOC555983 0.02 0 0 0.294 0.634 0.835 

NOTE2:

> my_data <- my_data[, -1] 
> head(my_data) 
    J1 J2 J3 H1 H2 H3 
1 0.00 0 0 0.507 0.232 0.540 
2 0.00 0 0 0.355 0.342 0.132 
3 0.00 0 0 0.091 0.070 0.163 
4 0.00 0 0 1.835 0.856 1.527 
5 0.00 0 0 5.344 5.355 0.000 
6 0.02 0 0 0.294 0.634 0.835 

Answer 1

Sie sollten die erste Spalte zu dem Attribut row.names hinzufügen (mit der Funktion rownames, ja, ich weiß, es ist nicht sehr konsistent) vor yo Du entfernst es. Das heißt:

rownames(my_data) <- my_data[, 1] 
my_data <- my_data[, -1] 
library(heatmaply) 
heatmaply(my_data) # should now work 

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