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Ich versuche, in ASCII kodierten Text innerhalb einer DNA-Sequenz aus einer Datei zu finden.In Python decodieren
Unten ist mein Code:
Die erste ist die FASTA-Datei zu öffnen und legen Sie eine Variable.
with open("/home/<username>/python/progseq") as mydnaseq:
sequence = mydnaseq.read().replace('\n','')
Das zweite Bit ist die Sequenz in binären und tat dies für die Buchstaben C und G/T zu übersetzen gleich 1:
binarysequence = sequence.replace('A','0')
Dann nahm ich diese loooooong binäre Folge und machen wollte es in 8bits:
for i in range(0,len(binarysequence),8):
binarysequence [i:i+8]
Dieser erstellt dann eine Ausgabe wie folgt aus:
'00110100'
'00110010'
'01000110'
'00011000'
'0'
Obwohl ich eine viel längere Ausgabe hatte, habe ich nur die letzten vier der Sequenz aufgenommen.
Wollte wissen, wie man das in Buchstaben umwandelt.
Mit 'sequence.encode()' können Sie eine ASCII-Zeichenkette in eine Binärdatei (Bytes) umwandeln. Die Funktion ersetzt jedes Zeichen durch seinen 8-Bit-ASCII-Zeichencode. Zum Beispiel wird 'A' 65. Aber was hast du als nächstes mit diesen Bits vor? – DyZ
Hallo @DYZ, danke für die Antwort. Ich wollte diese Reihe von 8 Bits (nicht nur diese vier) durch das entsprechende ASCII-Zeichen ersetzen, da mir gesagt wurde, dass es ein Gedicht enthüllen soll. Ich weiß nur noch nicht wie es ist und ich frage mich, ob ich encode() oder decode() benutzen soll oder ob es eine andere Annäherung gibt. Ich hoffe ich mache Sinn. Ich bin neu in der Programmierwelt. –
Ich hätte ord() nicht verwenden sollen, aber jeden Buchstaben ([A, C = 0] [T, G = 1]) entsprechend übersetzen. Ich bin mir nur unsicher, wo ich jetzt damit anfangen soll. –