Farbpalette von diskretisierten Werten für eine kontinuierliche Variable erstellen (Gitterebenenplot)

Question

Im Anschluss an this question möchte ich eine Levelplot-Heatmap erstellen und jede Zelle entsprechend der Variablen p.value in meinem Datenrahmen färben.

Ich möchte die Zellen in einer solchen Art und Weise gefärbt haben, dass es nur drei Farben (diskretisiert Farbpalette für kontinuierliche Variable):

• weiß für p.values> 0,05

• rot für p.values ​​< 0,05 und> 0,01

• dunkelrot für p.values ​​< 0,01

Bisher ist dies mein MWE.

set.seed(150) 
pv.df <- data.frame(compound=rep(LETTERS[1:8], each=3), comparison=rep(c("a/b","b/c","a/c"), 8), p.value=runif(24, 0, 0.2)) 
pv.df 
myPanel <- function(x, y, z, ...) { 
    panel.levelplot(x, y, z, ...) 
    panel.text(x, y, round(z, 2)) 
} 
#install.packages("latticeExtra") 
library(latticeExtra) 
library(RColorBrewer) 
cols <- rev(colorRampPalette(brewer.pal(6, "Reds"))(10)) 

png(filename="test.png", height=1000, width=600) 
print(
    levelplot(p.value ~ comparison*compound, 
      pv.df, 
      panel = myPanel, 
      col.regions = cols, 
      colorkey = list(col = cols, 
          at = do.breaks(range(pv.df$p.value), 10)), 
      xlab = "", ylab = "",    # remove axis titles 
      scales = list(x = list(rot = 45), # change rotation for x-axis text 
         cex = 0.8),   # change font size for x- & y-axis text 
      main = list(label = "Total FAME abundance - TREATMENT", 
         cex = 1.5))   # change font size for plot title 
) 
dev.off() 

Welche produziert:

Ich bin die tatsächlichen p.value Werte in der levelplot zeigt. Es scheint ein Problem mit dem obigen Code zu geben, da "0.14" dunkler gefärbt ist als "0.08" direkt daneben.

Answer 1

Sie haben nicht die Haltepunkte angegeben, die für die Regionen verwendet werden sollen (wie Sie es für den Farbschlüssel getan haben), daher der Mischmasch in der Farbe.

Wenn Sie wollen, dass die Regionen <=0.01, >0.01 & <=0.05 und >0.05 Sie es im Inneren des levelplot Gespräch mit dem at Parameter angeben müssen (und natürlich das gleiche gilt für die colorkey).

Also, in dem Anruf müssen Sie sagen, dass Sie die Farben "dunkelrot", "rot" und "weiß" für die verschiedenen Region (col.regions = c("darkred", "red", "white")) mit Brüchen bei 0 (eigentlich untere Grenze), 0,01 wollen. 0,05 und 0,20 (Obergrenze, das ist eine Art Rundung für das Maximum p.value Ihrer data.frame).

Ihr levelplot Anruf ist dann:

levelplot(p.value ~ comparison*compound, 
      pv.df, 
      panel = myPanel, 
      col.regions = c("darkred", "red", "white"), 
      at=c(0, 0.01, 0.05, 0.20), 
      colorkey = list(col = c("darkred", "red", "white"), 
          at = c(0, 0.01, 0.05, 0.20)), 
      xlab = "", ylab = "",    # remove axis titles 
      scales = list(x = list(rot = 45), # change rotation for x-axis text 
         cex = 0.8),   # change font size for x- & y-axis text 
      main = list(label = "Total FAME abundance - TREATMENT", 
         cex = 1.5)) 

Giving:

NB:ich den Anruf auf Ihrer Beschreibung der Pausen basiert, für die Pausen Sie verwendet In Ihrem Code müssen Sie at = do.breaks(range(pv.df$p.value), 10)) im Aufruf hinzufügen (z. B. nach dem Definieren der col.regions)