Mit mehreren scale_colour_gradient Skalen für verschiedene Bereiche der Daten in einem Plot

Question

Ich bin sehr neu zu R so bitte bitte mit mir, wenn etwas nicht klar ist in meiner Frage.

Ich habe eine data.frame "Protein" mit 5 Spalten, nämlich;

1. Proteinname, 2. Protein_FC, 3. Protein_pval, 4.mRNA_FC, 5.mRNA_pval und 6.freq.

Ich versuche, ein Vulkan-Diagramm mit x = log2 (Protein_FC), y = -log10 (protein_pval) zu plotten. Dann kartieren Sie die Größe der Punkte auf Freq und Farbe auf mRNA_FC. Das alles funktioniert gut und hier ist der Code, den ich verwendet habe:

ggplot(protein [ which (protein$freq <= 0.05),] , aes(x = log2(protein_FC) , 
     y = -log10 (protein_pval) , size = freq , colour = mRNA_FC , 
     label = paste(protein_name,",",mRNA_pval), alpha=1/1000)) + 
    geom_point() + geom_text(hjust = 0 , vjust = 0 , colour = "black" , size = 2.5) + 
    geom_abline(intercept = 1.3 , slope = 0) + 
    scale_colour_gradient(limits=c(-3,3)) 

alles ist in Ordnung, bis hier. Aber wegen der Art des Experiments, Daten ist es ziemlich dicht um mRNA_FC = 0. Dort funktioniert das Standardfarbschema, das ggplot anwendet, nicht sehr gut, um verschiedene Punkte zu unterscheiden.

Ich habe verschiedene Farbskalen mit low="colour1" und high="colour2" ausprobiert. Ich denke jedoch, dass es am besten ist, mehrere Farbskalen über die Bereiche mRNA_FC zu verwenden, d.h. blau zu weiß für -3<mRNA<-0.2, rot zu weiß für -0.2<mRNA_FC<0, grün zu weiß für 0<mRNA_FC<0.2 und schwarz zu weiß für 0.2<mRNA_FC<3.

Aber ich habe noch keinen Weg gefunden, es zu tun.

Jede Hilfe wäre willkommen. Prost!

Answer 1

Für diese Art von Sache, die Sie verwenden möchten scale_gradientn. Zum Beispiel:

library(ggplot2) 

x = seq(-0.1, 0.1, len=100) 
y = 0:10 
dat = expand.grid(x=x, y=y) 

ggplot(data=dat, aes(x=x, y=y, fill=x)) + 
    geom_raster() + 
    scale_fill_gradientn(colours=c('red', 'yellow', 'cyan', 'blue'), 
    values = c(-0.05,-1e-32,1e-32,0.05), 
    breaks = c(-0.05,-0.005,0.005,0.05), 
    rescaler = function(x,...) x, 
    oob  = identity)