Zufällige Auswahl von Spalten mit Linux-Befehl

Question

Ich habe eine flache Datei (. Txt) mit 606.347 Spalten und ich möchte 50.000 RANDOM Spalten extrahieren, mit Ausnahme der ersten Spalte, die Probenidentifikation ist. Wie kann ich das mit Linux-Befehlen machen? Meine Datei sieht so aus:

ID SNP1 SNP2 SNP3 
1 0 0 2 
2 1 0 2 
3 2 0 1 
4 1 1 2 
5 2 1 0 

Es TAB begrenzt ist.

Vielen Dank.

Prost,

Paula.

Answer 1

awk zur Rettung!

$ cat shuffle.awk 

    function shuffle(a,n,k) { 
    for(i=1;i<=k;i++) { 
     j=int(rand()*(n-i))+i 
     if(j in a) a[i]=a[j] 
     else a[i]=j 
     a[j]=i; 
    } 
    } 

    BEGIN{srand(); shuffle(ar,NF,ncols)} 
     {for(i=1;i<=ncols;i++) printf "%s", $(ar[i]) FS; print ""} 

allgemeine Nutzungs

$ echo $(seq 5) | awk -f shuffle.awk -v ncols=5 
3 4 1 5 2 

in Ihrem speziellen Fall können Sie Sie $ 1 und starten Sie die Funktion Schleife von 2.

dh ändern

for(i=1;i<=k;i++)-a[1]=1; for(i=2;i<=k;i++)

Answer 2

Versuchen Sie folgendes:

echo {2..606347} | tr ' ' '\n' | shuf | head -n 50000 | xargs -d '\n' | tr ' ' ',' | xargs -I {} cut -d $'\t' -f {} file 

Update:

echo {2..606347} | tr ' ' '\n' | shuf | head -n 50000 | sed 's/.*/&p/' | sed -nf - <(tr '\t' '\n' <file) | tr '\n' '\t'