Merging 2 data.frames mit merge() erzeugen Fehler: Fehler in sort.list (bx [m $ xi])

Question

Ich habe 2-Datenrahmen:

x = list("a", "b",1,2) 
m1=matrix(x,2,2) 
colnames(m1) <- c("gene", "fc") 

y = list("A", "B", "C",1,2,3) 
m2 = matrix(y,3,2) 
colnames(m2) <- c("gene", "fc") 

df1 <- as.data.frame(m1) 
df2 <- as.data.frame(m2) 

Ich versuche, diese 2 Datenrahmen zu fusionieren mit:

merged <- merge(df1, df2, by=("gene")) 

Aber ich habe diesen Fehler:

Error in sort.list(bx[m$xi]) : 'x' must be atomic for 'sort.list' Have you called 'sort' on a list?

Was mache ich falsch?

Answer 1

Der Grund für den Fehler ist, dass in Datenrahmen, die Sie erwähnt haben, werden die Spalten als list und nicht die Basisdatentypen wie Integer gespeichert, nummerisch, Zeichen, Faktor usw.

Wenn man diesen Befehl ausgeführt wird, ein bekommt eine gute Vorstellung davon, was vor sich geht.

> str(df1) 
'data.frame': 2 obs. of 2 variables: 
$ gene:List of 2 
    ..$ : chr "a" 
    ..$ : chr "b" 
$ fc :List of 2 
    ..$ : num 1 
    ..$ : num 2 

Lösung:

1) Sie können die Datenrahmen wie folgt aus:

df1 <- data.frame(gene = c('a','b'),fc = c(1,2)) 

df2 <- data.frame(gene = c('a','b','c'),fc = c(1,2,3)) 

merge(df1,df2,by='gene')