Wie taxonomic spezifische IDs für Königreich, Phylum, Klasse, Ordnung, Familie, Gattung und Arten von Taxid bekommen?

Question

Ich habe eine Liste von taxids der wie folgt aussieht:

1204725 
2162 
1300163 
420247 

Ich suche eine Datei mit taxonomischen ids, um von dem taxids oben zu bekommen:

kingdom_id  phylum_id  class_id  order_id  family_id  genus_id  species_id 

Ich bin mit dem Paket " ete3 ". Ich benutze das Werkzeug ete-ncbiquery, das dir die Abstammung von den oben genannten IDs sagt. (Ich betreibe es von meinem Linux-Laptop mit dem Befehl unten)

ete3 ncbiquery --search 1204725 2162 13000163 420247 --info 

Das Ergebnis sieht wie folgt aus:

# Taxid Sci.Name Rank Named Lineage Taxid Lineage 
2162 Methanobacterium formicicum species root,cellular organisms,Archaea,Euryarchaeota,Methanobacteria,Methanobacteriales,Methanobacteriaceae,Methanobacterium,Methanobacterium formicicum 1,131567,2157,28890,183925,2158,2159,2160,2162 
1204725 Methanobacterium formicicum DSM 3637 no rank root,cellular organisms,Archaea,Euryarchaeota,Methanobacteria,Methanobacteriales,Methanobacteriaceae,Methanobacterium,Methanobacterium formicicum,Methanobacterium formicicum DSM 3637 1,131567,2157,28890,183925,2158,2159,2160,2162,1204725 
420247 Methanobrevibacter smithii ATCC 35061 no rank root,cellular organisms,Archaea,Euryarchaeota,Methanobacteria,Methanobacteriales,Methanobacteriaceae,Methanobrevibacter,Methanobrevibacter smithii,Methanobrevibacter smithii ATCC 350611,131567,2157,28890,183925,2158,2159,2172,2173,420247 

Ich habe keine Ahnung, welche Elemente (IDS) entsprechen dem, was ich suche (falls vorhanden)

Answer 1

Der folgende Code:

import csv 
from ete3 import NCBITaxa 

ncbi = NCBITaxa() 

def get_desired_ranks(taxid, desired_ranks): 
    lineage = ncbi.get_lineage(taxid) 
    lineage2ranks = ncbi.get_rank(lineage) 
    ranks2lineage = dict((rank, taxid) for (taxid, rank) in lineage2ranks.items()) 
    return {'{}_id'.format(rank): ranks2lineage.get(rank, '<not present>') for rank in desired_ranks} 

def main(taxids, desired_ranks, path): 
    with open(path, 'w') as csvfile: 
     fieldnames = ['{}_id'.format(rank) for rank in desired_ranks] 
     writer = csv.DictWriter(csvfile, delimiter='\t', fieldnames=fieldnames) 
     writer.writeheader() 
     for taxid in taxids: 
      writer.writerow(get_desired_ranks(taxid, desired_ranks)) 

if __name__ == '__main__': 
    taxids = [1204725, 2162, 1300163, 420247] 
    desired_ranks = ['kingdom', 'phylum', 'class', 'order', 'family', 'genus', 'species'] 
    path = 'taxids.csv' 
    main(taxids, desired_ranks, path) 

Erzeugt eine Datei, die wie folgt aussieht:

kingdom_id phylum_id class_id order_id family_id genus_id species_id 
<not present> 28890 183925 2158 2159 2160 2162 
<not present> 28890 183925 2158 2159 2160 2162 
<not present> 28890 183925 2158 2159 2160 2162 
<not present> 28890 183925 2158 2159 2172 2173 

Answer 2

Verwenden Sie die Taxid Lineage-Nummern in Ihren Ergebnissen, indem Sie sie in der get_rank-Methode von ete3 verwenden. Als example:

from ete3 import NCBITaxa 
ncbi = NCBITaxa() 

print ncbi.get_rank([9606, 9443]) 
# {9443: u'order', 9606: u'species'} 

Vermutlich das resultierende Wörterbuch, um die Ranginformationen aller IDs enthalten sollte, einschließlich aller Zwischen „no rank“ IDs, die Sie beseitigen möchten.