mehrere Torten mit scatterpie oder ggforce

Question

Ich versuche, mehrere Piecharts auf einem Bild zu plotten. Ich möchte custom_annotation verwenden, um das gerasterte Bild zu plotten. Aber im Moment kann ich nicht einmal die vielen Piecharts bekommen.

Schließlich möchte ich 6 Kuchen in verschiedenen Spots über einem Bild plotten. imX und imY geben Sie die Koordinaten an, wo die Pasteten auf dem Bild sein sollten.

head(wholebody_cutLH_wide_t[c(1,2,102,103,104)]) 
Acidobacteriaceae Actinomycetaceae imX imY radius 
1  0.000000e+00  7.665687e-05 2.00 5.5 0.5 
2  0.000000e+00  4.580237e-04 1.50 1.0 0.5 
3  0.000000e+00  4.112573e-04 1.75 2.0 0.5 
4  6.431473e-04  3.856008e-02 0.30 1.0 0.5 
5  0.000000e+00  3.013013e-04 1.50 4.8 0.5 
6  3.399756e-05  1.372986e-02 1.50 5.2 0.5 

Hier ist mein Versuch mit scatterpie:

ggplot(wholebody_cutLH_wide_t) + 
# annotation_custom(g, xmin=-Inf, xmax=Inf, ymin=-Inf, ymax=Inf) + 
geom_scatterpie(aes(x=imX, y=imY,r=radius), 
      data=wholebody_cutLH_wide_t, cols=NA,color=sample(allcolors,101)) + 
scale_color_manual(values=sample(allcolors,101)) + 
scale_x_continuous(expand=c(0,0), lim=c(0,3)) + 
scale_y_continuous(expand=c(0,0), lim=c(0,6)) + 
theme(legend.position="none", 
    panel.background = element_rect(fill = "transparent") # bg of the panel 
    , plot.background = element_rect(fill = "transparent") # bg of the plot 
    , panel.grid.major = element_blank() # get rid of major grid 
    , panel.grid.minor = element_blank(), # get rid of minor grid 
    line = element_blank(), 
    text = element_blank(), 
    title = element_blank() 
) 

Jetzt ist mein Fehler ist:

Error: Only strings can be converted to symbols 

Hier ist mein Versuch mit dplyr und ggforce:

dat_pies<-left_join(wholebody_cutLH, 
       wholebody_cutLH %>% 
        group_by(tax_rank) %>% 
        summarize(Cnt_total = sum(count_norm))) %>% 
group_by(tax_rank) %>% 
mutate(end_angle = 2*pi*cumsum(count_norm)/Cnt_total,  # ending angle for each pie slice 
    start_angle = lag(end_angle, default = 0), # starting angle for each pie slice 
    mid_angle = 0.5*(start_angle + end_angle)) 

ggplot(dat_pies) + 
geom_arc_bar(aes(x0 = imX, y0 = imY, r0 = 0, r = rpie, 
       start = start_angle, end = end_angle, fill = Volume)) + 
geom_text(aes(x = rlabel*sin(mid_angle), y = rlabel*cos(mid_angle), label = Cnt), 
     hjust = 0.5, vjust = 0.5) + 
coord_fixed() + 
scale_x_continuous(expand=c(0,0), lim=c(0,3)) + 
scale_y_continuous(expand=c(0,0), lim=c(0,6)) + 

Hier ist mein Fehler:

Jede Hilfe mit einer dieser Methoden wäre toll. dank

Answer 1

In Ihrem ersten Versuch sollten Sie verwenden:

ggplot(wholebody_cutLH_wide_t) + 
    geom_scatterpie(aes(x=imX, y=imY,r=radius), 
    data=wholebody_cutLH_wide_t, 
    cols=colnames(wholebody_cutLH_wide_t)[1:2], 
    color=NA, alpha=.8) 

Answer 2

Es sieht nicht so aus, wie Sie tatsächlich haben Ihren Code auf Ihre Daten angepasst. Hier ist das ggforce Beispiel oben geregelt:

wholebody_cutLH_wide_t <- read.table(text = "Acidobacteriaceae Actinomycetaceae imX imY radius 
     0.000000e+00  7.665687e-05 2.00 5.5 0.5 
     0.000000e+00  4.580237e-04 1.50 1.0 0.5 
     0.000000e+00  4.112573e-04 1.75 2.0 0.5 
     6.431473e-04  3.856008e-02 0.30 1.0 0.5 
     0.000000e+00  3.013013e-04 1.50 4.8 0.5 
     3.399756e-05  1.372986e-02 1.50 5.2 0.5", header = TRUE) 

library(tidyr) 
library(dplyr) 
library(ggforce) 

# convert to long format, add a grouping variable to keep track of which pies go together 
wholebody_cutLH_long <- mutate(wholebody_cutLH_wide_t, group=letters[1:6]) %>% 
    gather(type, amount, -imX, -imY, -radius, -group) 

dat_pies<-left_join(wholebody_cutLH_long, 
        wholebody_cutLH_long %>% 
         group_by(group) %>% 
         summarize(amount_total = sum(amount))) %>% 
    group_by(group) %>% 
    mutate(end_angle = 2*pi*cumsum(amount)/amount_total, 
     start_angle = lag(end_angle, default = 0)) 

# now draw 
ggplot(dat_pies) + 
    geom_arc_bar(aes(x0 = imX, y0 = imY, r0 = 0, r = radius, 
        start = start_angle, end = end_angle, fill = type)) + 
    coord_fixed() 

Und nun das gleiche auf dem Bild eines menschlichen Skeletts zeichnen:

library(cowplot) 

ggplot(dat_pies) + 
    draw_image("https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/15/Human_skeleton_diagram.png", 
      x=0, y=0, width = 2.2, height = 6) + 
    geom_arc_bar(aes(x0 = imX, y0 = imY, r0 = 0, r = radius, 
        start = start_angle, end = end_angle, fill = type)) + 
    coord_fixed()