Umbenennen von FASTA-Dateien mit einem Teil ihrer ersten Zeile

Question

Ich möchte einige Genom FASTA-Dateien mit einigen Informationen der ersten Zeile umbenennen, aber ich kann es nicht herausfinden. Hier

ist ein Beispiel, zwei Dateien:

GCA_000007365.1_ASM736v1_genomic.fna:

>AE013218.1 Buchnera aphidicola str. Sg (Schizaphis graminum), complete genome 
ATGTCAAAGTCGTATTTAAAAAATTTTGATGTTATTGTTATTGGTGGAGGGCATGCTGGCACTGAAGCTGCAGCAGCCTC 
TGCAAGAGTAGGTTGTAAAACATTATTATTAACTCAAAAAATAACTGATATAGGTGTATTATCTTGCAATCCTGCTATCG 

GCA_000012065.2_ASM1206v2_genomic.fna:

>CP000048.1 Borrelia hermsii DAH, complete genome 
TACCACTACACTTATTAATAATACATACTCACGCCTGGGGGGAAAAATTCAATAATGGAAACCTTACAAATATAAAACCA 
CTACAAATAGGTATTATTCAGCATAATTATATAAATTTAACTCCTTATAATCAACATTATAAATATTACGCTTTCATTGG 

Ich möchte tausend *.fna Dateien mit Informationen von der ersten Zeile umbenennen in der FASTA-Datei geben:

Buchnera_aphidicola_AE013218.1.fna 
Borrelia_hermsii_CP000048.1.fna 

Der FASTA-Header bleibt unverändert. Nur der Dateiname.

Answer 1

Sie können Schleife über alle .fna Dateien, extrahieren Sie die Worte, ordnen sie mit awk und legte sie in einen mv Befehl wie folgt aus:

for fname in *.fna; do 
    mv -- "$fname" \ 
    "$(awk 'NR==1{printf("%s_%s_%s\n",$2,$3,substr($1,2));exit}' "$fname")".fna 
done 

Hinzufügen eines echo vor dem mv Befehl seine Ausgangs Ergebnisse zu sehen in

mv -- GCA_000007365.1_ASM736v1_genomic.fna Buchnera_aphidicola_AE013218.1.fna 
mv -- GCA_000012065.2_ASM1206v2_genomic.fna Borrelia_hermsii_CP000048.1.fna 

Die -- ist sicher zu stellen, dass die Dateinamen mit Bindestrich beginnen nicht als Optionen zu mv interpretiert werden. 1

Hier ist, was der awk-Befehl in der Befehlsersetzung der Fall ist, besser lesbar:

NR == 1 { 
    printf("%s_%s_%s\n", $2, $3, substr($1, 2)) 
    exit 
} 

Die Formatierungsstring für printf die ersten drei Worte umlagert; substr Entfernen Sie die führende > aus dem ersten Wort. verhindert, dass der Rest der Datei verarbeitet wird; Es würde das Ergebnis nicht ändern, aber die Dinge verlangsamen.

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mehr tragbar wäre mv "./$fname" "./$(...)"; -- ist ein GNUism, soweit ich weiß.