Slice Linien und speichern Sie Parameter in verschiedenen Dateien

Ich habe eine g.out Datei (unten eingefügt).Slice Linien und speichern Sie Parameter in verschiedenen Dateien

Diese Datei besteht aus mehreren FINAL OPTIMIZED Geometrien, die ich extrahieren möchte.

Für eine gegebene FINAL OPTIMIZED GEOMETRY diese markierten Werte sind diejenigen, die ich möchte extrahieren:

Ich habe in das unten stehende Programm verwaltet extrahieren die ersten drei: VOLUME und A und B:

Mein Code:

import os 
import sys 
import re 

initial_pattern = '^ FINAL OPTIMIZED GEOMETRY - DIMENSIONALITY OF THE SYSTEM  3$' 
middle_pattern = '^ CRYSTALLOGRAPHIC CELL ' 
end_pattern = '^ T = ATOM BELONGING TO THE ASYMMETRIC UNIT$' 


VOLUMES = [] 
P0 = [] 
P2 = [] 
atomic_number = [] 
coord_x = [] 
coord_y = [] 
coord_z = [] 

with open('g.out') as file: 
    for line in file: 
     if re.match(initial_pattern, line): 
      print file.next() 
      print file.next() 
      print file.next() 

      volume_line = file.next() 
      print volume_line 
      aux = volume_line.split() 
      each_volume = aux[7] 
      print each_volume 
      VOLUMES.append(each_volume) 

     if re.match(middle_pattern, line): 
      print line 

      print file.next() 
      parameters_line = file.next() 
      aux = parameters_line.split() 
      p0 = aux[0] 
      p1 = aux[1] 
      p2 = aux[2] 
      p3 = aux[3] 
      p4 = aux[4] 
      p5 = aux[5] # 

      print p0 
      print p2 

      P0.append(p0) 
      P2.append(p2) 

      print file.next() 
      print file.next() 
      print file.next() 
      print file.next() 

      first_coord_line = file.next() 
      print first_coord_line 

     if re.match(end_pattern, line): 
      end_pattern = line 
      print end_pattern 
      all_coordinates = [first_coord_line:end_pattern] 
      for line in all_coordinates: 
       del('F ')    # delete those that contain 'F ' 
       aux2 = line.split() 
       coords = [] 


sys.exit() 
#Template = 
""" 
some stuff 
other stuff 
p0  p2 
3 
A B  C   D 
E F  G   H 
I J  K   L 
other stuff 
some other stuff 
"""

Ich bin nicht in der Lage die COORDINATES, zu extrahieren, weil ich nicht den Weg first_coord_line-end_pattern, wie in diesem Pseudo-Code zu schneiden Zeilen finden:

if re.match(end_pattern, line): 
    end_pattern = line 
    print end_pattern 
    all_coordinates = [first_coord_line:end_pattern] 
    for line in all_coordinates: 
     del('F ')    # delete those that contain 'F ' 
     aux2 = line.split() # split lines 
     atomic_number = aux2[2] 
     coord_x = aux2[4] 
     coord_y = aux2[5] 
     coord_z = aux2[6]

Gibt es eine Möglichkeit, diesen Pseudo-Code zu erreichen?

In meinem Code, VOLUMES, P0, P2, atomic_number, coord_x, coord_ycoord_z werden mit Listen, weil initialisiert, bevor die for-Schleife endet Ich möchte in verschiedenen Dateien mit dem Namen des "VOLUME .inp" genannt speichern diese Informationen:

#Template = 
""" 
some stuff 
other stuff 
p0  p2 
3 
A B  C   D 
E F  G   H 
I J  K   L 
other stuff 
some other stuff 
"""

wo p0 und p2 die Werte in meinem Code extrahiert werden (2. und 3. Werte im Screenshot hervorgehoben) und A-L sind die 0.123.und coord_x, coord_y, coord_z.

Gibt es einen Weg, dies zu erreichen?

Die g.out Datei:

more lines 
more lines 
more lines 

FINAL OPTIMIZED GEOMETRY - DIMENSIONALITY OF THE SYSTEM  3 
(NON PERIODIC DIRECTION: LATTICE PARAMETER FORMALLY SET TO 500) 
******************************************************************************* 
LATTICE PARAMETERS (ANGSTROMS AND DEGREES) - BOHR = 0.5291772083 ANGSTROM 
PRIMITIVE CELL - CENTRING CODE 7/0 VOLUME= 119.823364 - DENSITY 2.770 g/cm^3 
     A    B    C   ALPHA  BETA  GAMMA 
    6.28373604  6.28373604  6.28373604 46.646397 46.646397 46.646397 
******************************************************************************* 
ATOMS IN THE ASYMMETRIC UNIT 3 - ATOMS IN THE UNIT CELL: 10 
    ATOM     X/A     Y/B     Z/C 
******************************************************************************* 
     1 T 20 CA 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 
     2 F 20 CA -5.000000000000E-01 -5.000000000000E-01 -5.000000000000E-01 
     3 T 6 C  2.500000000000E-01 2.500000000000E-01 2.500000000000E-01 
     4 F 6 C -2.500000000000E-01 -2.500000000000E-01 -2.500000000000E-01 
     5 T 8 O -4.924094276183E-01 -7.590572381674E-03 2.500000000000E-01 
     6 F 8 O  2.500000000000E-01 -4.924094276183E-01 -7.590572381674E-03 
     7 F 8 O -7.590572381674E-03 2.500000000000E-01 -4.924094276183E-01 
     8 F 8 O  4.924094276183E-01 7.590572381674E-03 -2.500000000000E-01 
     9 F 8 O -2.500000000000E-01 4.924094276183E-01 7.590572381674E-03 
    10 F 8 O  7.590572381674E-03 -2.500000000000E-01 4.924094276183E-01 

TRANSFORMATION MATRIX PRIMITIVE-CRYSTALLOGRAPHIC CELL 
    1.0000 0.0000 1.0000 -1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 -1.0000 1.0000 

******************************************************************************* 
CRYSTALLOGRAPHIC CELL (VOLUME=  359.47009054) 
     A    B    C   ALPHA  BETA  GAMMA 
    4.97568007  4.97568007 16.76591397 90.000000 90.000000 120.000000 

COORDINATES IN THE CRYSTALLOGRAPHIC CELL 
    ATOM     X/A     Y/B     Z/C 
******************************************************************************* 
     1 T 20 CA 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 
     2 F 20 CA -5.491739570355E-17 -2.745869785177E-17 -5.000000000000E-01 
     3 T 6 C  3.333333333333E-01 -3.333333333333E-01 -8.333333333333E-02 
     4 F 6 C -3.333333333333E-01 3.333333333333E-01 8.333333333333E-02 
     5 T 8 O -4.090760942850E-01 -3.333333333333E-01 -8.333333333333E-02 
     6 F 8 O  3.333333333333E-01 -7.574276095166E-02 -8.333333333333E-02 
     7 F 8 O  7.574276095166E-02 4.090760942850E-01 -8.333333333333E-02 
     8 F 8 O  4.090760942850E-01 3.333333333333E-01 8.333333333333E-02 
     9 F 8 O -3.333333333333E-01 7.574276095166E-02 8.333333333333E-02 
    10 F 8 O -7.574276095166E-02 -4.090760942850E-01 8.333333333333E-02 

T = ATOM BELONGING TO THE ASYMMETRIC UNIT 
INFORMATION **** fort.34 **** GEOMETRY OUTPUT FILE 

more lines 
more lines 
more lines 

FINAL OPTIMIZED GEOMETRY - DIMENSIONALITY OF THE SYSTEM  3 
(NON PERIODIC DIRECTION: LATTICE PARAMETER FORMALLY SET TO 500) 
******************************************************************************* 
LATTICE PARAMETERS (ANGSTROMS AND DEGREES) - BOHR = 0.5291772083 ANGSTROM 
PRIMITIVE CELL - CENTRING CODE 7/0 VOLUME= 121.143469 - DENSITY 2.740 g/cm^3 
     A    B    C   ALPHA  BETA  GAMMA 
    6.32229536  6.32229536  6.32229536 46.436583 46.436583 46.436583 
******************************************************************************* 
ATOMS IN THE ASYMMETRIC UNIT 3 - ATOMS IN THE UNIT CELL: 10 
    ATOM     X/A     Y/B     Z/C 
******************************************************************************* 
     1 T 20 CA 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 
     2 F 20 CA 5.000000000000E-01 -5.000000000000E-01 -5.000000000000E-01 
     3 T 6 C  2.500000000000E-01 2.500000000000E-01 2.500000000000E-01 
     4 F 6 C -2.500000000000E-01 -2.500000000000E-01 -2.500000000000E-01 
     5 T 8 O -4.927088991116E-01 -7.291100888437E-03 2.500000000000E-01 
     6 F 8 O  2.500000000000E-01 -4.927088991116E-01 -7.291100888437E-03 
     7 F 8 O -7.291100888437E-03 2.500000000000E-01 -4.927088991116E-01 
     8 F 8 O  4.927088991116E-01 7.291100888437E-03 -2.500000000000E-01 
     9 F 8 O -2.500000000000E-01 4.927088991116E-01 7.291100888437E-03 
    10 F 8 O  7.291100888437E-03 -2.500000000000E-01 4.927088991116E-01 

TRANSFORMATION MATRIX PRIMITIVE-CRYSTALLOGRAPHIC CELL 
    1.0000 0.0000 1.0000 -1.0000 1.0000 1.0000 0.0000 -1.0000 1.0000 

******************************************************************************* 
CRYSTALLOGRAPHIC CELL (VOLUME=  363.43040599) 
     A    B    C   ALPHA  BETA  GAMMA 
    4.98494429  4.98494429 16.88768068 90.000000 90.000000 120.000000 

COORDINATES IN THE CRYSTALLOGRAPHIC CELL 
    ATOM     X/A     Y/B     Z/C 
******************************************************************************* 
     1 T 20 CA 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 
     2 F 20 CA -5.471726358381E-17 -2.735863179191E-17 -5.000000000000E-01 
     3 T 6 C  3.333333333333E-01 -3.333333333333E-01 -8.333333333333E-02 
     4 F 6 C -3.333333333333E-01 3.333333333333E-01 8.333333333333E-02 
     5 T 8 O -4.093755657782E-01 -3.333333333333E-01 -8.333333333333E-02 
     6 F 8 O  3.333333333333E-01 -7.604223244490E-02 -8.333333333333E-02 
     7 F 8 O  7.604223244490E-02 4.093755657782E-01 -8.333333333333E-02 
     8 F 8 O  4.093755657782E-01 3.333333333333E-01 8.333333333333E-02 
     9 F 8 O -3.333333333333E-01 7.604223244490E-02 8.333333333333E-02 
    10 F 8 O -7.604223244490E-02 -4.093755657782E-01 8.333333333333E-02 

T = ATOM BELONGING TO THE ASYMMETRIC UNIT 
INFORMATION **** fort.34 **** GEOMETRY OUTPUT FILE 

more lines 
more lines 
more lines

Aktualisiert Code:

Basierend auf @nos Flagge Ansatz, der folgende Code ist in der Lage, die Informationen zu extrahieren. VOLUMES ist eine Liste von 2 Elementen. Die folgenden Listen sind das Ergebnis:

VOLUMES = ['119.823364', '121.143469'] 
P0 = ['4.97568007', '4.98494429'] 
P2 = ['16.76591397', '16.88768068'] 
Xs = ['0.000000000000E+00', '3.333333333333E-01', '-4.090760942850E-01', '0.000000000000E+00', '3.333333333333E-01', '-4.093755657782E-01'] 
Ys = ['0.000000000000E+00', '-3.333333333333E-01', '-3.333333333333E-01', '0.000000000000E+00', '-3.333333333333E-01', '-3.333333333333E-01'] 
Zs = ['0.000000000000E+00', '-8.333333333333E-02', '-8.333333333333E-02', '0.000000000000E+00', '-8.333333333333E-02', '-8.333333333333E-02'] 
ATOMIC_NUMBERS = ['20', '6', '8', '20', '6', '8']

Der zweite Teil dieses Beitrags, diese Informationen zu schreiben war (P0, P2, ATOMIC_NUMBERS, Xs, Ys, Zs) in den beiden VOLUME.inp Dateien.Mit anderen Worten, so etwas wie:

V_119.823364.inp Datei:

some stuff 
other stuff 
4.97568007 4.98494429 
3 
20 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 
6 3.333333333333E-01 -3.333333333333E-01 -8.333333333333E-02 
8 -4.090760942850E-01 -3.333333333333E-01 -8.333333333333E-02 
other stuff

V_121.143469.inp Datei:

some stuff 
other stuff 
4.97568007 4.98494429 
3 
20 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 0.000000000000E+00 
6 3.333333333333E-01 -3.333333333333E-01 -8.333333333333E-02 
8 -4.093755657782E-01 -3.333333333333E-01 -8.333333333333E-02 
other stuff

Basierend auf @ die nos atoms_per_frame und atoms_all_frames Vorschlag, ich habe den folgenden Code versucht. Ich finde Schwierigkeiten beim elementweisen Schreiben in die Dateien, d. H.

import os 
import sys 
import re 
import glob 

initial_pattern = '^ FINAL OPTIMIZED GEOMETRY - DIMENSIONALITY OF THE SYSTEM  3$' 
middle_pattern = '^ CRYSTALLOGRAPHIC CELL ' 
end_pattern = '^ T = ATOM BELONGING TO THE ASYMMETRIC UNIT$' 

global N_atom_irreducible_unit 
N_atom_irreducible_unit = 3 

VOLUMES = [] 
P0 = [] 
P2 = [] 
ATOMIC_NUMBERS = [] 
Xs = [] 
Ys = [] 
Zs = [] 

with open('g.out') as file: 
    passed_mid_point = False 
    for line in file: 
     if re.match(initial_pattern, line): 
      print file.next() 
      print file.next() 
      print file.next() 

      volume_line = file.next() 
      print volume_line 
      aux = volume_line.split() 
      each_volume = aux[7] 
      print each_volume 
      VOLUMES.append(each_volume) 

     if re.match(middle_pattern, line): 
      print line 

      print file.next() 
      parameters_line = file.next() 
      aux = parameters_line.split() 
      p0 = aux[0] 
      p1 = aux[1] 
      p2 = aux[2] 
      p3 = aux[3] 
      p4 = aux[4] 
      p5 = aux[5] # 

      print p0 
      print p2 

      P0.append(p0) 
      P2.append(p2) 

      print file.next() 
      print file.next() 
      print file.next() 
      print file.next() 

     if re.match(middle_pattern, line): 
      passed_mid_point = True 
      print 'line = ', line 

     if re.match(end_pattern, line): 
      passed_mid_point = False 

     elif passed_mid_point: 
      # parse the coordinates 
      print 'line2 =', line 
      terms = line.split() 
      print 'terms =', terms 

     if terms and terms[1] == 'T': 
      print terms[1] 
      atomic_number = terms[2] 
      print 'atomic_number = ', atomic_number 
      ATOMIC_NUMBERS.append(atomic_number) 

      x = terms[4] 
      print 'x =', x 
      Xs.append(x) 

      y = terms[5] 
      print 'y = ', y 
      Ys.append(y) 

      z = terms[6] 
      print 'z = ', z 
      Zs.append(z) 

print 'VOLUMES = ', VOLUMES 
print 'P0 = ', P0 
print 'P2 = ', P2 
print 'Xs = ', Xs 
print 'Ys = ', Ys 
print 'Zs = ', Zs 
print 'ATOMIC_NUMBERS = ', ATOMIC_NUMBERS 

# create the empty list of lists: 
atoms_all_frames = [[] for _ in xrange(len(VOLUMES))] 
print atoms_all_frames 

for index_vol in range(len(VOLUMES)): 
    for index in range(len(ATOMIC_NUMBERS)): 
    atoms_per_frame = [ATOMIC_NUMBERS[index], Xs[index], Ys[index], Zs[index]] 
    atoms_all_frames[index_vol].append(atoms_per_frame) 

# "atoms_all_frames" would be an appropriate list for looping 
print atoms_all_frames 

# Remove any existing V*.inp files, to clean first: 
for f in glob.glob("V*.inp"): 
    os.remove(f) 

# create the files: 
for V in VOLUMES: 
    filename = "V_{}.d12".format(V) 
    print filename 

    # open them: 
    with open(filename,"a") as f: 

    # the following is a pseudo-code, because I cannot manage to 
    # find the way to write element-wise each string to the files: 
    for p0, p2, atoms_all_frames: 

     f.write("""some stuff 
other stuff 
%s  %s 
%s 
%s %s  %s   %s 
%s %s  %s   %s 
%s %s  %s   %s 
other stuff 
some other stuff\n""" % p0 % p2 %N_atom_irreducible_unit %atoms_all_frames)

Quelle

2017-09-03 DavidC.

Zu viel Code und Text ... –

Ich vermute, Sie analysieren einige Ergebnisse pro (Zeit) Rahmen, und für jeden Rahmen gibt es Volumen und möglicherweise mehrere Atome mit ihren Koordinaten. In diesem Fall erstellen Sie zunächst eine Liste (sagen Sie 'atoms_all_frames = []'), um alle Atome zu speichern. Erstellen Sie dann beim Analysieren der Datei eine Liste der Atomkoordinaten (sagen Sie 'atoms_per_frame = []') für jeden Rahmen und fügen Sie die (x, y, z) -Koordinaten für jedes Atom an. Fügen Sie dann atoms_per_frame in atoms_all_frames ein. Auf diese Weise haben Ihre Volumenliste und Koordinatenliste die gleiche Größe, die die Anzahl der Rahmen ist. – nos

@nos Danke für Ihren Vorschlag. Ich bin diesem Ansatz gefolgt, aber ich kann es nicht schaffen, elementweise in die Dateien zu schreiben. Bitte siehe aktualisierten Beitrag –

Es gibt viele Möglichkeiten, dies zu tun. Das Wesentliche ist zu unterscheiden, ob Sie die mid_pattern übergeben haben, da das gleiche Koordinatenmuster sowohl davor als auch danach existiert, und nur diejenigen, die danach gewünscht sind.

Zum Beispiel können Sie

einen Flag, so dass wir mid_pattern abgestimmt

verzweigen mich am end_pattern passenden

passed_mid_point = False 
... 
if re.match(middle_pattern, line): 
    passed_mid_point = True 
    # do what you need 
    ... 
if re.match(end_pattern, line): 
    passed_mid_point = False # so you can process a new frame 
    # do what you need after end pattern is matched 
    ... 
elif passed_mid_point: 
    # parse the coordinates 
    terms = line.split() 
    if terms and terms[1] == 'T': 
     x = float(terms[4]) 
     y = float(terms[5]) 
     z = float(terms[6])

hat Oder können Sie Flagge und Übereinstimmung, etwas wie dieses:

passed_mid_point = False 
    coord_patter = r'  \d+ T ' 
    ... 
    if re.match(middle_pattern, line): 
     passed_mid_point = True 
     # do what you need 
     ... 
    if re.match(end_pattern, line): 
     passed_mid_point = False # so you can process a new frame 
     # do what you need after end pattern is matched 
     ... 
    if passed_mid_point and re.match(coord_pattern, line): 
     # parse the coordinates 
     terms = line.split() 
     if terms and terms[1] == 'T': 
      x = float(terms[4]) 
      y = float(terms[5]) 
      z = float(terms[6])

Die Koordinatenanpassung kann auch

sci_num = r'-?\d+\.\d*E[+\-]\d+' 
coord_pattern = r'\s+\d+\sT\s+\d+\s+[A-Z]+\s+(%s)\s+(%s)\s+(%s)' % (sci_num, sci_num, sci_num) 
coord_re = re.compile(coord_pattern) 
if coord_re.match(line): 
    x = float(coord_re.group(1)) 
    y = float(coord_re.group(2)) 
    z = float(coord_re.group(3))

Für die Aufzeichnung der Daten vollständig in regulärem Ausdruck durchgeführt wird, wird es besser sein, wenn Sie den Überblick über den Rahmen zu halten, dass die Atomkoordinaten zu gehören. Zum Beispiel können Sie am Anfang eine atom_frames erstellen. Und fügen Sie die Liste der Atomkoordinaten hinzu, wobei jede Liste einem Rahmen entspricht. Insgesamt sieht es in etwa so aus:

atom_frames = [] 
for i in range(50): # here I assume 50 frames 
    current_frame = [] 
    for a in atoms_in_this_frame: 
     current_frame.append(a) # a could be (x, y, z) of an atom 
    atom_frames.append(current_frame)

Hier bin ich nur über die Frame-Counts. In Ihrem Fall können Sie current_frame = [] erstellen, wenn Sie die mid_pattern treffen. Und tun Sie atom_frames.append(current_frame), wenn Sie end_pattern treffen. Ich hoffe es macht Sinn.

Quelle

2017-09-04 02:45:31 nos

Vielen Dank für Ihre Antwort.Dieser Flag-Prozedur-Ansatz ist sehr interessant. Ich habe dieses Prinzip im Code angewendet. Wenn Sie jedoch die Anweisung 'if terms [1] ==' T ': 'erreichen, gibt es einen Fehler" Listenindex außerhalb des Bereichs ". Siehe ** aktualisierter Code **, um das Problem zu reproduzieren. Die 'if terms [1] == 'T':' Anweisung scheint mir gut, ich verstehe ganz und gar nicht, wo das Problem ist –

oh, das liegt daran, dass es Leerzeilen gibt, siehe den aktualisierten Code – nos

Danke für die Klarstellung und Danke nochmal für all deine Hilfe. Der Teil, der die Informationen in Dateien speichert, weist einige Schwierigkeiten auf. Siehe ** aktualisierter Code **. –

Slice Linien und speichern Sie Parameter in verschiedenen Dateien

Antwort

Verwandte Themen