0
Ich habe versucht, "tsne" zu verwenden, um meine Daten zu analysieren. Nach den Beispieldaten ("iris") in "README" von "tsne", habe ich versucht, meine eigenen Daten so zu strukturieren, dass sie als Eingabe für die Funktion tsne() verwendet werden können.R: Konvertieren von Dimnamen in Spalte in Matrix
>sampledata
Gene 1 Gene 2 Gene 3 Gene 4 GeneX
Cell1 Value Value Value Value Value
Cell2 Value Value Value Value Value
Cell3 Value Value Value Value Value
Cell4 Value Value Value Value Value
Cell5 Value Value Value Value Value
Vergleich mit „Iris“, ich denke, dass ich eine zusätzliche Spalte mit der dimnames „Cell1“ „Cell2“ „Cell3“ Für Datenrahmen hinzufügen, ich denke, ich einfach wie etwas tun könnte:
sampledata$sampleids<-rownames(sampledata)
Aber ich habe keine Ahnung, wie man ähnliche Tricks zu Matrix macht. Danke für jeden Vorschlag.
sein Ich weiß nicht, tsne, aber eine Matrix enthält Werte des gleichen Typs. Wenn es sich bei den Werten um Zahlen handelt, können Sie keine Zeichenfolgen hinzufügen. – user31264
@ user31264, Ja, Matrix enthält Werte des gleichen Typs. Danke, dass du mich daran erinnert hast (ich habe gerade erfahren, dass diese Woche noch in meinem Kopf Wurzeln geschlagen hat ...). Nach dem erneuten Überprüfen des "README" -Teils, tatsächlich "tsne_out <- Rtsne (as.matrix (iris_unique [, 1: 4]))" wird der ursprüngliche Datenrahmen in eine Matrix umgewandelt, und ich hatte bereits die Matrix, keinen Punkt zu machen Datenrahmen zuerst. Entschuldigen Sie die Mühe und Danke! – Jun