Aufruf von blas ddot aus Cython

Question

Ich versuche, das Dot-Produkt aus der BLAS-Bibliothek mit Cython zu verwenden, aber wenn das kompilierte Modul aufgerufen wird, erscheint der folgende Trace-Back "undefined symbol: cblas_ddot". Ausführen des NP. Config .show() die verknüpften Bibliotheken zu sehen:

lapack_info: 
     libraries = ['lapack', 'lapack'] 
     library_dirs = ['/usr/lib64'] 
     language = f77 

lapack_info: 
    libraries = ['lapack', 'lapack'] 
    library_dirs = ['/usr/lib64'] 
    language = f77 

openblas_lapack_info: 
    NOT AVAILABLE 

blas_info: 
    libraries = ['cblas', 'blas'] 
    library_dirs = ['/usr/lib64'] 
    define_macros = [('HAVE_CBLAS', None)] 
    language = c 

atlas_3_10_blas_threads_info: 
    NOT AVAILABLE 

atlas_threads_info: 
    NOT AVAILABLE 

atlas_3_10_threads_info: 
    NOT AVAILABLE 

atlas_blas_info: 
    NOT AVAILABLE 

atlas_3_10_blas_info: 
    NOT AVAILABLE 

atlas_blas_threads_info: 
    NOT AVAILABLE 

openblas_info: 
    NOT AVAILABLE 

blas_mkl_info: 
    NOT AVAILABLE 

blas_opt_info: 
    libraries = ['cblas', 'blas'] 
    library_dirs = ['/usr/lib64'] 
    language = c 
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 1), ('HAVE_CBLAS', None)] 

blis_info: 
    NOT AVAILABLE 

atlas_info: 
    NOT AVAILABLE 
atlas_3_10_info: 
    NOT AVAILABLE 

lapack_mkl_info: 
    NOT AVAILABLE 

Und das LDD /usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so und readlink-/ usr/lib/libblas.so.3 zeigt: /usr/lib/libblas.so.3.7.0

Also scheinbar die BLAS-Bibliotheken sind verknüpft, aber nicht die cblas_ddot finden. Die Pyxis-Datei:

import numpy as np 
cimport numpy as np 

cdef extern from "cblas.h": 
    double ddot "cblas_ddot"(int N, 
          double *X, int incX, 
          double *Y, int incY) 

ctypedef np.float64_t dtype_t 
def matmul(np.ndarray[dtype_t, ndim=2] A, 
      np.ndarray[dtype_t, ndim=2] B): 
    cdef Py_ssize_t i, j 
    cdef np.ndarray[dtype_t,ndim=2] out = np.zeros((A.shape[0],B.shape[1])) 
    cdef np.ndarray[dtype_t, ndim=1] A_row, B_col 
    for i in range(A.shape[0]): 
     A_row = A[i,:] 
     for j in range(B.shape[1]): 
      B_col = B[:, j] 
      out[i,j] = ddot(
       A_row.shape[0], 
       <dtype_t*>A_row.data, 
       A_row.strides[0] // sizeof(dtype_t), 
       <dtype_t*>B_col.data, 
       B_col.strides[0] // sizeof(dtype_t)) 

Die Kompilierung-Datei wie folgt aussieht: Import numpy

if __name__ == '__main__': 

    from distutils.core import setup 
    from distutils.extension import Extension 
    from Cython.Distutils import build_ext 


    # The Cython modules to setup 
    ext_modules = [ 
     Extension('matmul', ['matmul.pyx'], include_dirs= 
     [numpy.get_include()]) 
    ] 

    # Run the setup command 
    setup(
     cmdclass = {'build_ext': build_ext}, 
     ext_modules = ext_modules 
    ) 

Answer 1

Sie nur es muss sagen, die die Bibliothek in setup.py zu verknüpfen:

Extension(... # as before 
    libraries=[':libcblas.so.3'] 
) 

Die genaue Bibliothek hängt möglicherweise davon ab, was Sie installiert haben. Versuchen Sie 'cblas' zuerst, wenn das schlägt fehl, welche libcblas Datei haben Sie. Beachten Sie, dass Sie eine Verknüpfung zu libcblas statt zu libblas erstellen müssen.

Sie könnten sehen auch die Scipy BLAS Cython bindings Sie einige Zeit zu sparen manuell dieses Zeug zu schaffen (obwohl ich denke, das sind für BLAS statt cblas).