Plotten Massenspektren in R

Question

Ich suche ein 3-D-Overlay der Massenspektren von verschiedenen Proben in R zu zeichnen, ähnlich wie die folgenden Abbildung :(https://www.researchgate.net/publication/7662272/figure/fig1/AS:280563387781122@1443902932685/Figure-4-3D-overlay-zoom-plot-of-mass-spectra-of-a-serum-sample-from-one-person.png)

Ich habe versucht, Pakete zu verwenden, wie zum Beispiel "plot3D", aber die endgültige Handlung sieht nicht so vorzeigbar aus. Gibt es alternative Pakete, die ein ähnliches/identisches Diagramm wie das in der Verknüpfung erzeugen können?

Answer 1

Ich empfehle rgl Paket.

Beispiel;

library(rgl) 

# example data 
df <- cbind(expand.grid(x = 1:20, y = c(1,2,4,5)), 
      z = c(dnorm(1:20, 18), dnorm(1:20, 14), dnorm(1:20, 6), dnorm(1:20, 2))) 

open3d() 
plot3d(df, type="n", axes=F, ylab="", ylim=c(0.5, 5.5), zlim = c(0, 1)) # a draft 
axes3d(edge="bbox", xat=-10, yat=-10, zat=-10) # make a piece of box 
axes3d(c("x", "z"))          # x and z axis 
axis3d("y+-", at = c(1,2,4,5), label = c("t = 5", "t = 4", "t = 15", "t = 20")) # y axis 
for(i in c(1,2,4,5)) lines3d(df[df$y == i,], col=i+1) 
text3d(5, 3, 0, "test", font=2) 

zusätzliches Beispiel;

library(rgl); library(dplyr) 

# example data 
df <- cbind(expand.grid(x = 1:20, y = c(1,2,4,5)), 
      z = c(dnorm(1:20, 18), dnorm(1:20, 14), dnorm(1:20, 6), dnorm(1:20, 2))) 
df2 <- df %>% mutate(z = jitter(z) + 0.1) 

open3d()  # type = "h" draw segments from z = 0. If you want another value for `from`, `segments3d()` achieves it. 
plot3d(df2, type="h", axes=F, ylab="", ylim=c(0.5, 5.5), col="gray30", zlim=c(0, 1), lwd=3) 
axes3d(edge="bbox", xat=-10, yat=-10, zat=-10)   # make a piece of box 
axes3d(c("x", "z"))          # x and z axis 
axis3d("y+-", at = c(1,2,4,5), label = c("t = 5", "t = 4", "t = 15", "t = 20")) # y axis 
for(i in c(1,2,4,5)) lines3d(df2[df2$y == i,], col=i+1, lwd=2) 
text3d(5, 3, 0.05, "test", font=2)