DSSP von Biopython einen Fehler 'NameError: globaler Name' FileNotFoundError ''

Question

Ich versuche, DSSP über Biopython zu laufen, vor ein paar Monaten funktionierte der Code, aber ich bekomme jetzt das erroe. Jede Hilfe würde sehr geschätzt werden.

>>>from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser 
>>>from Bio.PDB.DSSP import DSSP 
>>>p=PDBParser(PERMISSIVE=1) 
>>>st= p.get_structure('1bzq','1bzqK.pdb') 
>>>model=st[0] 
>>>dssp= DSSP(model,'1bzqK.pdb',dssp='dssp') 
Traceback (most recent call last): 
File "<stdin>", line 1, in <module> 
File "/home/rennes/akhila/.local/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/DSSP.py", line 355, in __init__ 
except FileNotFoundError: 
NameError: global name 'FileNotFoundError' is not defined 

Ich habe auch den Weg der DSSP geprüft von

user@home:~/Documents/FR_distances$ mkdssp 
mkdssp 2.2.1 options: 
-h [ --help ]   Display help message 
-i [ --input ] arg Input file 
-o [ --output ] arg Output file, use 'stdout' to output to screen 
-v [ --verbose ]  Verbose output 
--version    Print version 
-d [ --debug ] arg Debug level (for even more verbose output) 

Ich habe auch zu this und änderte den DSSP Weg bezeichnet, aber es gibt mir immer noch den gleichen Fehler.

Answer 1

Von source code:

Note that the recent DSSP executable from the DSSP-2 package was renamed from dssp to mkdssp . If using a recent DSSP release, you may need to provide the name of your DSSP executable: >>> dssp = DSSP(model, '1mot.pdb', dssp='mkdssp')

Versuchen ersetzt dssp= DSSP(model,'1bzqK.pdb',dssp='dssp') von:

dssp = DSSP(model, '1bzqK.pdb', dssp='mkdssp')