Wie konvertiert man VCF-Datei in PED-Datei mit Plink?

Question

Ich versuche, eine .vcf-Datei mit Plink in eine .ped-Datei zu konvertieren. Ich habe einige Handbücher und Posts online gelesen, aber es scheint, dass niemand spezifisch erwähnt, wie man vcf in ped umwandelt.

Ich hoffe, dass es hier einige Experten geben kann, die Erfahrung mit plink haben, um vcf in ped zu konvertieren. Ich würde es schätzen, wenn Sie das Wissen teilen könnten. Darüber hinaus, wenn es einen anderen Weg (nicht-plink) gibt, dies zu tun, bitte teilen Sie es.

Vielen Dank!

Answer 1

ich konvertieren meine VCF-Dateien Formate Plink (ped, fam, Karte) mit VCFtools: http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html

Meine Befehle wie folgt aussehen:

vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink