Wie bekomme ich Kanten von Netzwerk x zu Farbe anders

Question

Ich habe ein Baum Bild erstellt, siehe question.
Jetzt habe ich einige wichtige Gruppen.
Eine Gruppe hat Knoten mit Farbe grün und braun und hat ein "B" und ein "A". Die zweite Gruppe hat nur rosa Knoten und "T" und die letzte Gruppe hat Gelb, Orange und Blau und die Buchstaben "L", "X" und "H". Die Farben beziehen sich auf die Farben der Knoten und die Buchstaben gehören zum Namen. Also möchte ich den Rand der verschiedenen Gruppen einfärben.

also habe ich eine ähnliche Funktion wie oben, anstelle von Knoten, habe ich zu get_edge geändert. und versuchen Sie dies:

for edge in edges.keys(): 
     if str(edge) != "Clade": 
      if 'T' in edge: 
       edge_colors.append('b') 

wo Rand ist:

(Clade(branch_length=-0.00193, name='T-7199-8'), Clade(branch_length=0.00494)) 

vielleicht ist es eine Möglichkeit zu sagen, wenn T in Namen, dann den Rand färben. Was zu dir denken?

weiß jemand, wie man das macht?

Danke

Answer 1

Ich vermute, (da ich weiß nicht, wie das Snippet passt zum Rest des Codes in), die Sie über die Knoten und das Hinzufügen einer Farbe zur sind Iterieren Liste für jeden Knoten. Wie die Fehlermeldung suggeriert, müssen Sie die Farbe für jede Kante erarbeiten. Das wird komplizierter.

In Ordnung, hab es! Der Code könnte etwas aufgeräumt werden, aber das funktioniert.

#Define your centre node: you need to pull this out of the graph. Call it b. 
# The number changes each time: look for a Clade(branch_length=0.03297) 
# Its neighbors have branch lengths .00177, .01972, .00774. 
b = G.nodes()[112] 

# Recursively paint edges below a certain point, ignoring ones we've already seen 
def paintedges(graph, startnode, colour): 
    for node in graph.neighbors(startnode): 
     if node not in alreadyseen: # alreadyseen is in global scope 
      graph[startnode][node]["colour"] = colour 
      alreadyseen.add(node) 
      paintedges(graph, node, colour) 

alreadyseen = set([b]) 
G[b][G.neighbors(b)[0]]["colour"] = "red" 
paintedges(G, G.neighbors(b)[0], "red") 
G[b][G.neighbors(b)[1]]["colour"] = "blue" 
paintedges(G, G.neighbors(b)[1], "blue") 
G[b][G.neighbors(b)[2]]["colour"] = "green" 
paintedges(G, G.neighbors(b)[2], "green") 

# Now make a list of all the colours, in the order networkx keeps the edges 
edgecolours = [G[f][t]["colour"] for f,t in G.edges()] 
kwargs["edge_color"] = edgecolours