Vergleich von zwei Dateien in zwei Skripten zu einem Skript

Ich habe zwei Skripte zum Vergleich zweier Dateien.Vergleich von zwei Dateien in zwei Skripten zu einem Skript

erste Skript vergleichen $ 3 Spalte:

> awk -v OFS="\t" 'NR==FNR{a[$3]=$4;next}{$2=$2 "\t"(a[$2]?a[$2]:"-")}1' file1 file2

zweite Skript vergleichen $ 2 Spalte:

> awk -v OFS="\t" 'NR==FNR{a[$2]=$4;next}{$2=$2 "\t"(a[$2]?a[$2]:"-")}1' file1 file2

Sie sehen ein Unterschiede
NR==FNR{a[$3]=$4;next} und
NR==FNR{a[$2]=$4;next} und
Ich mag würde in ein Skript schreiben, so etwas wie

NR==FNR{a[$2 || $3]=$4}

Bitte könnten Sie mir helfen? Wenn Sie möchten, könnte ich Dateien und weitere Informationen teilen.

INPUT: Datei 1

chr1 11796320 11796321 MTHFR 
chr1 169549810 169549811 F5 
chr1 173917077 173917078 SERPINC1 
chr2 48962781 48962782 FSHR 
chr4 121696961 121696962 ANXA5 
chr4 121697010 121697011 ANXA5 
chr4 121697036 121697037 ANXA5 
chr4 121697055 121697056 ANXA5 
chr11 46739504 46739505 F2 
chr13 20189510 20189511 GJB2 
chr13 20189546 20189547 GJB2

File2

chr1 11796321 G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 C 0 WILD ADP=3

OUTPUT:

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 GJB2 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3

Quelle

2016-09-30 Vonton

Bitte geben Sie einige sinnvolle Beispiele für die Quelldateien und die erwartete Ausgabe an. –

Diese Syntax ist nicht gültig und nicht sinnvoll. Vielleicht machbar, wenn nur eines von $ 2 oder $ 3 existiert (sich gegenseitig ausschließend). Was möchten Sie tun, wenn sowohl $ 2 als auch $ 3 nicht leer sind? – karakfa

Ich füge eine Eingabedateien und Ausgabe was ich will .. – Vonton

awk zur Rettung!

$ awk 'NR==FNR{f2[$2]=f3[$3]=$4;next} 
       {k=$2; suf=((k in f2)?f2[k]:((k in f3)?f3[k]:"-")); 
       $2=k "\t" suf}1' file{1,2} 

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 GJB2 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3

Quelle

2016-09-30 14:51:31 karakfa

Gute Arbeit, funktioniert gut. Vielen Dank – Vonton

Ein weiterer awk (herausgegeben $4 enthalten) vielleicht:

awk 'FNR==NR{A[$3]=$1 FS $3 FS $4;next} ($2 in A){print A[$2],$3,$4,$5,$6}' file1 file2 

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3

Quelle

2016-09-30 13:13:56 Chris

Aber es ist nicht gefüllt $ 4 Spalte Formular 1. Datei ... – Vonton

Vergleich von zwei Dateien in zwei Skripten zu einem Skript

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