Numpy vektorisieren Summe über Indizes

Question

Ich habe eine Liste von Indizes (Liste (int)) und eine Liste von Summierungsindizes (Liste (Liste (int)). Gegeben ein 2D numpy Array, muss ich die Summe über Indizes finden die zweite Liste für jede Spalte und fügen sie sie in den entsprechenden Indizes in der ersten Spalte gibt es eine Möglichkeit, dies vektorisieren Hier wird der normale Code ist:

indices = [1,0,2] 
summing_indices = [[5,6,7],[6,7,8],[4,5]] 
matrix = np.arange(9*3).reshape((9,3)) 
for c,i in enumerate(indices): 
    matrix[i,c] = matrix[summing_indices[i],c].sum()+matrix[i,c] 

Answer 1

Hier ist ein fast * vektorisiert Ansatz np.add.reduceat -

.?

lens = np.array(map(len,summing_indices)) 
col = np.repeat(indices,lens) 
row = np.concatenate(summing_indices) 
vals = matrix[row,col] 
addvals = np.add.reduceat(vals,np.append(0,lens.cumsum()[:-1])) 
matrix[indices,np.arange(len(indices))] += addvals[indices.argsort()] 

Bitte beachten Sie, dass dies einige Setup hat Overhead, also wäre es am besten geeignet für 2D Eingangsarrays mit einer guten Anzahl von Spalten, während wir entlang der Spalten iterieren.

*: Fast wegen der Verwendung von map() am Anfang, aber rechnerisch sollte das vernachlässigbar sein.