Python Import: kann nicht Namen ‚Multiarray‘ importieren

Question

ich alle Google verfügbaren Links gescheuert haben dieses Problem zu beheben, aber es bleibt noch ungelöst für mich ...

ich folgende Fehlermeldung erhalten, wenn graph_tool zu importieren versuchen, in python3. Ich habe sowohl Python 2.7 und 3.6 und Anaconda installiert. Ich installiere Pakete entweder unter pip, conda oder brew. Ich habe MacOS Sierra 10.12.3.

$ python3 
Python 3.5.2 |Anaconda custom (x86_64)| (default, Jul 2 2016, 17:52:12) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 4.2 (clang-425.0.28)] on darwin 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
>>> from graph_tool.all import * 
Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 16, in <module> 
    from . import multiarray 
ImportError: cannot import name 'multiarray' 

During handling of the above exception, another exception occurred: 

Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/graph_tool/__init__.py", line 104, in <module> 
    import numpy 
    File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/numpy/__init__.py", line 142, in <module> 
    from . import add_newdocs 
    File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module> 
    from numpy.lib import add_newdoc 
    File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 8, in <module> 
    from .type_check import * 
    File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 11, in <module> 
    import numpy.core.numeric as _nx 
    File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 26, in <module> 
    raise ImportError(msg) 
ImportError: 
Importing the multiarray numpy extension module failed. Most 
likely you are trying to import a failed build of numpy. 
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all 
files not under version control). Otherwise reinstall numpy. 

Original error was: cannot import name 'multiarray' 

Einige Informationen über meine Verzeichnisse/Pfade:

>>> import sys 
>>> print(('\n').join(sys.path)) 

/usr/local/lib/python3.6/site-packages 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python35.zip 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python3.5 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python3.5/plat-darwin 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python3.5/lib-dynload 
/Users/mymacbook/.local/lib/python3.5/site-packages 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python3.5/site-packages 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python3.5/site-packages/Sphinx-1.4.6-py3.5.egg 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python3.5/site-packages/aeosa 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python3.5/site-packages/setuptools-27.2.0-py3.5.egg 
/usr/local/lib/python2.7/site-packages 
/usr/local/Cellar/matplotlib/2.0.2/libexec/lib/python2.7/site-packages 
/usr/local/Cellar/numpy/1.13.3/libexec/nose/lib/python2.7/site-packages 

$ echo $PYTHONPATH 
/usr/local/lib/python3.6/site-packages 

$ pr /Users/mymacbook/.local/lib/python3.5/site-packages/homebrew.pth 
import site; site.addsitedir("/usr/local/lib/python2.7/site-packages") 

Zusätzliche Informationen:

Irgendwo Online angegeben auch, dass ich die neueste Version von matplotlib haben sollte. Ich starte brew info matplotlib und die folgende Einschränkung erscheint. Ich führe die Befehle wie angegeben aus, aber diese Warnung wird immer noch angezeigt. Ich bin mir nicht sicher, ob dieses Problem für das multiarray Problem relevant ist.

==> Caveats 
If you want to use the `wxagg` backend, do `brew install wxpython`. 
This can be done even after the matplotlib install. 
If you use system python (that comes - depending on the OS X version - 
with older versions of numpy, scipy and matplotlib), you may need to 
ensure that the brewed packages come earlier in Python's sys.path with: 
    mkdir -p /Users/mymacbook/.local/lib/python3.5/site-packages 
    echo 'import sys; sys.path.insert(1, "/usr/local/lib/python2.7/site-packages")' >> /Users/mymacbook/.local/lib/python3.5/site-packages/homebrew.pth 

This formula installed .pth files to Homebrew's site-packages and your 
Python isn't configured to process them, so you will not be able to 
import the modules this formula installed. If you plan to develop 
with these modules, please run: 
    mkdir -p /Users/mymacbook/.local/lib/python3.5/site-packages 
    echo 'import site; site.addsitedir("/usr/local/lib/python2.7/site-packages")' >> /Users/mymacbook/.local/lib/python3.5/site-packages/homebrew.pth 

FYI Informationen über meine numpy Paket. Es hat auch den gleichen Vorbehalt wie oben.

$ brew info numpy 
numpy: stable 1.13.3 (bottled), HEAD 
Package for scientific computing with Python 
http://www.numpy.org 
/usr/local/Cellar/numpy/1.12.1 (442 files, 9.6MB) 
    Poured from bottle on 2017-06-08 at 15:05:49 
/usr/local/Cellar/numpy/1.13.0 (1,371 files, 29.0MB) 
    Built from source on 2017-06-24 at 00:28:31 with: --with-python3 
/usr/local/Cellar/numpy/1.13.3 (893 files, 21.8MB) * 
    Poured from bottle on 2017-10-22 at 22:06:55 

Auch ein anderes Problem (möglicherweise im Zusammenhang) ....

$ pip search numpy 
Traceback (most recent call last): 
    File "/Users/tamtran/anaconda/bin/pip", line 7, in <module> 
    from pip import main 
    File "/Users/tamtran/anaconda/lib/python3.5/site-packages/pip/__init__.py", line 26, in <module> 
    from pip.utils import get_installed_distributions, get_prog. 
. 
. 
. 
AttributeError: '_NamespacePath' object has no attribute 'sort' 

Vielen Dank im Voraus für Ihre Hilfe! (Entschuldigung für die Unmenge an Informationen, nur versuchen, so viel Kontext wie möglich zu bieten) (auch wenn Sie spezifische commands Ihren Lösungen zur Verfügung stellen könnten)

Answer 1

Versuche, den sys.path hier neu zu mischen, werden nicht zu Glück führen.

Sie können Mix-and-Match-Gebräu, Conda und Pip-Pakete von Python 2 und 3 und haben reproduzierbare Ergebnisse

Erstellen Sie sich eine frische Conda Umgebung

conda create -n tensorproject python ipython tensorflow <other pkgs> 
source activate tensorflowproject 

Conda wird verwalten Abhängigkeiten für dich. Sie können zusätzliche Pakete installieren und nicht-Anaconda-Pakete auf Conda-Forge finden. Wenn Sie mehr benötigen, können Sie Pip in diese Umgebung installieren.

Hinweis: Wenn Sie eine Conda-Umgebung erstellen, werden nur Pakete, die für die Zusammenarbeit bekannt sind, in die Site-Pakete eingefügt, und site.py hat keine Besonderheiten.

Hinweis: Sie sollten wahrscheinlich auch die PYTHONPATH Umgebungsvariable fallen lassen.

Edit: graph_tool Installation Vom graph_tool installation page:

Make sure you use the same compiler to compile the whole stack (Python, Boost, etc) or you may lead into problems.

Die Compiler Anforderungen für graph_tool (unten) nicht mit Ihrem Anaconda Build (py35).

Answer 2

In meinem Fall wurde dieses Problem verursacht durch sys.path Blick in das 2.7 site-packages Verzeichnis vor dem Suchen in 3.6.

In Ihrem sys.path sieht es aus, als ob Sie ein ähnliches Problem haben. Aufruf python3 lädt Python 3.5 von Anaconda. Aber alle Anaconda 3.5 site-package Verzeichnisse werden nach den Verzeichnissen 2.7 überprüft.

# from OP sys.path 
/usr/local/lib/python2.7/site-packages 
/usr/local/Cellar/matplotlib/2.0.2/libexec/lib/python2.7/site-packages 
/usr/local/Cellar/numpy/1.13.3/libexec/nose/lib/python2.7/site-packages 
/Users/mymacbook/anaconda/lib/python3.5/site-packages # <-- should be before 2.7 

^Das ist, was das Problem verursacht.

Ich versuchte eine Reihe von verschiedenen Lösungen, um dies zu beheben, einschließlich loszuwerden .pth Dateien und Umleitung sys.path In-Skript. Schließlich habe ich nur das numpy Verzeichnis von der 2.7 site-packages entfernt, da ich es nicht brauchte, und ich war frustriert zu versuchen, genau zu verfolgen, wie sys.path konstruiert wurde und es dauerhaft neu zu ordnen.

Wenn Sie nicht so extrem sein wollen, werfen Sie einen Blick auf die site Dokumentation, wenn Sie genau verfolgen möchten, wie sys.path zusammengesetzt ist.