Bash die Dateinamen übergeben, die

Question

In einer einfachen Verarbeitung von Dateien nicht im i-ten Element der Schleife sind, wo Sie etwas für jede Datei in einem Verzeichnis tun wollen, tun Sie etwas wie folgt aus:

for i in file1 file2 file3 file5 
do 
echo "Processing $i" 
done 

Was ich hier machen möchte, ist, dass ich sowohl $ i als auch die Nicht-$ i-Dateien als Argument für einen Befehl übergebe. Sagen wir, mein Verzeichnis enthält 4 Dateien (Datei1, Datei2, Datei3, Datei5). Zum Beispiel möchte ich in der ersten Iteration der Schleife, wenn Datei1 verarbeitet wird, den Rest der Dateien (Datei2, Datei3, Datei5) an das Argument -b des Befehls übergeben.

Zum Beispiel erste Iteration der Schleife in bash sollte wie folgt aussehen:

FILES=/path/to/directory 
for i in $FILES 
do 
bedtools intersect -a $i -b file2 file3 file5 
done 

In zweiten Iteration wie die Datei2 in dem $ i der Rest der Dateien wird übergeben werden -b Argument.

for i in $FILES 
do 
bedtools intersect -a $i -b file1 file3 file5 
done 

und so weiter für alle Dateien im Verzeichnis. Kurz gesagt, übergeben Sie die aktuelle Datei an -a Argument und Rest der Dateien zu -b Argument.

Es wird toll wenn mir jemand dabei helfen kann. Vielen Dank.

Answer 1

Sie können nur einen numerischen Schleife verwenden und Scheiben nehmen aus dem Array:

shopt -s nullglob 
files=(path/to/directory/*) 

for ((i = 0; i < ${#files[@]}; ++i)); do 
    file=${files[i]} 
    others=("${files[@]:0:i}" "${files[@]:i+1}") 
    bedtools intersect -a "$file" -b "${others[@]}" 
done 

Diese Schleifen obwohl die Indizes des Arrays files und Scheiben der Teil vor und nach dem aktuellen Index i die others zu erhalten .

Answer 2

Sie können auch wie folgt ausprobieren,

op=$(find /path/to/directory ! -iname ".*")              
temp=$op                   

for i in $op;                 
do                    
    rfile=${temp//$i/}               
    rfile=$(echo $rfile | tr '\n' ' ')           
    bedtools intersect -a $i -b $rfile            
done 

Answer 3

count=0; files=(*) 
for i in ${files[*]}; do 
    unset files[count] 
    echo "bedtools intersect -a $i -b ${files[*]}" 
    files+=($i) 
    ((count++)) 
done