Sie sollten ein wenig über den Unterschied zwischen einem bare Repository und einem Repository mit einer Arbeitskopie lesen. Bare-Repos bestehen aus dem .git-Verzeichnis (das möglicherweise ".git" heißt oder nicht), das nur die Repository-Datenbank ohne die Arbeitskopie ist. Solche Repos werden normalerweise verwendet, wenn Sie Ihre Änderungen für andere veröffentlichen möchten. Ich denke, die offizielle Empfehlung ist, nur zu leeren Repositories zu schieben.
Wenn Sie zu einem leeren Repository wechseln, werden Ihre Dateien in keiner Arbeitskopie angezeigt (außer natürlich in Ihrem eigenen Repo). Sie erscheinen jedoch im Repo, aber nur als Datenbankobjekte. Wenn Sie also versuchen, Ihre Dateien im leeren Repo zu finden, werden Sie nur eine Reihe von administrativen Dateien und Dateien finden, die nach sha1-Prüfsummen benannt sind.
Die Antwort auf diese Frage finden Sie in http://git.or.cz/gitwiki/GitFaq (kurz gesagt: push aktualisiert das Arbeitsverzeichnis nicht, und Sie sollten sowieso nicht zu nicht-leeren Repositories wechseln) –