Wie kann ich angeben, welche R lib bei der Installation eines R-Pakets verwendet werden soll?

Question

I was trying to use a R package called "XML", aber hatte Probleme nach der Installation zu verwenden:

# in R environment 
> library("XML") 
> XML::parseURI("") 
Error in XML::parseURI("") : cannot parse URI 

das Problem, dass R entpuppte nicht die aktuelle Version von "libxml2" installiert in meinem Verzeichnis gefunden:

echo $LD_LIBRARY_PATH /somewhere/Jun/Programme/libxml2-devel-2.9.1-2.1/usr/lib/: 

Informationen über die Version der libxml2 Bibliothek "XML" abrufen

> path = unclass(getLoadedDLLs()[["XML"]])$path 
> path 
[1] "/misc/home/Jun/Programme/R-3.3.1/lib64/R/library/XML/libs/XML.so" 
> system2("ldd",args=path) 
       linux-vdso.so.1 => (0x00007fff2a9e8000) 
       libxml2.so.2 => /usr/lib64/libxml2.so.2 (0x00002aefc088a000) # XML is using a common "libxml2.so.2" not the one I installed. 
       libz.so.1 => //home/Jun/Programme/zlib-1.2.11/lib/libz.so.1 (0x00002aefc0bc8000) 
       libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00002aefc0de5000) 
       libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00002aefc1068000) 
       ... 

Jeder zu

Verknüpfung Vorschlag, das zu tun?

um "XML" Link zum libxml2 in meinem Verzeichnis installiert zu machen, gemacht ich solche Bemühungen:

1. Stellweg für libxml2:

   echo $ LD_LIBRARY_PATH

   /irgendwo/Jun/Programm/pcre-8.40/lib /:/irgendwo/Jun/Programm/xz-5.2.3/lib /:/irgendwo/Jun/Programm/zlib-1.2.11/include /:/irgendwo/Jun/Programm/zlib-1.2.11/lib /:/irgendwo/Jun/Programm/bzip2-1.0.6/lib /:/irgendwo/Jun/Programm/bzip2-1.0.6/includ e /:/irgendwo/Jun/Programm/gcc-6.1.0/lib /:/irgendwo/Jun/Programm/gcc-6.1.0/lib64 /:/irgendwo/Jun/Programm/libxml2-devel-2.9.1- 2.1/usr/lib /:/irgendwo/Jun/Programm/curl-7.52.1/lib /:/irgendwo/Jun/Programm/libtool_CentOS6_64/usr/lib64 /:/home/appl/openmpi-1.3.1/lib: /opt22/lsf83_exp/8.3/linux2.6-glibc2.3-x86_64/lib:/opt/ups/lib

2. recompile R mit Konfigurations lib mit "enable" -Argument Spezifizierungs

   configure --prefix = $ HOME/Programm/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS = "- L/$ HOME/Programm/zlib-1.2.11/lib -L/$ HOME/Programm/bzip2-1.0 .6/lib -L/$ HOME/Programm/xz-5.2.3/lib -L/$ HOME/Programm/pcre-8.40/lib -L/$ HOME/Programm/curl-7.52.1/lib "CPPFLAGS = "-I/$ HOME/Programm/zlib-1.2.11/include -I/$ HOME/Programm/bzip2-1.0.6/include - I/$ HOME/Programm/xz-5.2.3/include -I/$ HOME/Programm/pcre-8.40/include -I/$ HOME/Programm/curl-7.52.1/include "

3. installieren" XML "mit Konfigurationsargumenten:

   bioklische (" XML ", configure.args = '- mit-xml-config ="/irgendwo/Jun/Programm/libxml2-devel-2.9.1-2.1/usr/bin/xml2-config "') BioC_mirror: http://bioconductor.org Verwendung von Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.1 (2016-06-21). Installation Paket (en) 'XML' versucht URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML_3.98-1.5.tar.gz'

   Inhaltstyp 'application/x-gzip' Länge 1.599.213 Byte (1,5 MB)

   heruntergeladen 1.5 MB ...

aber keiner von ihnen schien zu funktionieren:

* installing *source* package ‘XML’ ... 
** package ‘XML’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
checking for gcc... gcc 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking whether the C compiler works... yes 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc accepts -g... yes 
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed 
checking how to run the C preprocessor... gcc -E 
checking for sed... /bin/sed 
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config 
User defined xml-config: /somewhere/Jun/Programme/libxml2-devel-2.9.1-2.1/usr/bin/xml2-config, XML Version: 2, XML2: yes 
USE_XML2 = yes 
SED_EXTENDED_ARG: -r 
Minor 9, Patch 1 for 2.9.1 
Located parser file -I/usr/include/libxml2/parser.h 
checking for gzopen in -lz... yes 
checking for xmlParseFile in -lxml2... yes 
checking for xmlHashSize in -lxml2... yes 
Using built-in xmlHashSize 
Checking DTD parsing (presence of externalSubset)... 
checking for xmlHashSize in -lxml2... yes 
Found xmlHashSize 
checking for xmlOutputBufferCreateBuffer in -lxml2... yes 
have xmlOutputBufferCreateBuffer() 
checking for xmlDocDumpFormatMemoryEnc in -lxml2... yes 
checking libxml/xmlversion.h usability... yes 
checking libxml/xmlversion.h presence... yes 
checking for libxml/xmlversion.h... yes 
Expat: FALSE 
Checking for return type of xmlHashScan element routine. 
No return value for xmlHashScan 
xmlNs has a context field 
Checking for cetype_t enumeration 
Using recent version of R with cetype_t enumeration type for encoding 
checking for xmlsec1-config... /usr/bin/xmlsec1-config 
nodegc default 
xml-debug default 
No XML_WITH_ZLIB enumeration value. 
Version has xmlHasFeature() 

**************************************** 
Configuration information: 

Libxml settings 

libxml include directory: -I/usr/include/libxml2 
libxml library directory: -lxml2 -lz -lm -ldl -lz -lxml2 
libxml 2:     -DLIBXML2=1 

Answer 1

ich denke, dass ich die Lösung gefunden zu haben.Anstatt rpm zu verwenden, um "libxml2" zu installieren (ich entschuldige mich, dass ich es in meinem Beitrag nicht erwähnt habe; ich habe nicht bemerkt, dass es die Ursache meiner Schwierigkeiten sein könnte), ich hätte "libxml2" aus der Quelle kompilieren sollen.

Für Menschen, die ein ähnliches Problem haben:

Laden Sie die aktuelle Version von libxml2 http://www.linuxfromscratch.org/blfs/view/svn/general/libxml2.html, über

nach den Anweisungen des Links.

Zwei Punkte für die Installation:

1.

./configure --prefix=$HOME/Programme --disable-static --with-history --with-zlib=/somewhere/Jun/Programme/zlib-1.2.11 && make 

Sie zlib angeben müssen (--with); Das bedeutet auch, dass Sie zlib installiert haben müssen. Ich musste "--with" hinzufügen, um configure arbeiten zu lassen.

2. Die Anweisungen geben an, dass Sie "make install" als root-Benutzer aufrufen müssen, aber nein, Sie müssen dies nicht tun.

3. Setzen Sie PATH für Ihre installierte "libxml2".

4. Installieren Sie Ihr R-Paket "XML" neu.