Python - Dateien vergleichen Zeichen in Zeile

Question

dort vergleichen. Ich bin ein begginer in Python, und ich bin zu kämpfen das tun folgendes:

Ich habe eine Datei wie diese (+ 10k Linie):

EgrG_000095700 /product="ubiquitin carboxyl terminal hydrolase 5" 
EgrG_000095800 /product="DNA polymerase epsilon subunit 3" 
EgrG_000095850 /product="crossover junction endonuclease EME1" 
EgrG_000095900 /product="lysine specific histone demethylase 1A" 
EgrG_000096000 /product="charged multivesicular body protein 6" 
EgrG_000096100 /product="NADH ubiquinone oxidoreductase subunit 10" 

und diese ein (+600 Zeilen):

EgrG_000076200.1 
EgrG_000131300.1 
EgrG_000524000.1 
EgrG_000733100.1 
EgrG_000781600.1 
EgrG_000094950.1 

Alle IDs der zweiten Datei sind in der ersten, so möchte ich die Linien der ersten Datei zu IDs des zweiten entspricht.

Ich schrieb das folgende Skript:

f1 = open('egranulosus_v3_2014_05_27.tsv').readlines() 
f2 = open('eg_es_final_ids').readlines() 
fr = open('res.tsv','w') 

for line in f1: 
    if line[0:14] == f2[0:14]: 
     fr.write('%s'%(line)) 

fr.close() 
print "Done!" 

Meine Idee der ids Abgrenzung der Zeichen pro Zeile Suche war EgrG_XXXX einer Datei zur anderen entsprechen, einem dann schreiben Sie die Zeilen in eine neue Datei . Ich habe einige Modifikationen versucht, das ist nur der "Kern" meiner Idee. Ich habe nichts. In einer der Modifikationen bekam ich nur eine Zeile.

Answer 1

with open('egranulosus_v3_2014_05_27.txt', 'r') as infile: 
    line_storage = {} 
    for line in infile: 
     data = line.split() 
     key = data[0] 
     value = line.replace('\n', '') 
     line_storage[key] = value 

with open('eg_es_final_ids.txt', 'r') as infile, open('my_output.txt', 'w') as outfile: 
    for line in infile: 
     lookup_key = line.split('.')[0] 
     match = line_storage.get(lookup_key) 
     outfile.write(''.join([str(match), '\n'])) 

Answer 2

Ich würde die IDs von f2 in einem Set speichern und dann f1 dagegen überprüfen.

id_set = set() 
with open('eg_es_final_ids') as f2: 
    for line in f2: 
     id_set.add(line[:-2]) #get rid of the .1 

with open('egranulosus_v3_2014_05_27.tsv') as f1: 
    with open('res.tsv', 'w') as fr: 
     for line in f1: 
      if line[:14] in id_set: 
       fr.write(line) 

Answer 3

f2 ist eine Liste von Zeilen in Datei-2. Wo wiederholst du die Liste, so wie du es für Zeilen in Datei-1 (f1) machst. Das scheint das Problem zu sein.