Überlappende Punkte und Text mit Plotly in Rshiny

Question

Ich benutze Plotly mit Rshiny, um ein Streudiagramm mit Textbeschriftungen zu erstellen. Im Folgenden finden Sie ein reproduzierbares Beispiel:

library(ggplot2) 
library(plotly) 
dat <- data.frame(LongExpressionValue = rnorm(1:100), 
        LongMethylationValue = rnorm(1:100), 
        LongCopyNumberValue = rnorm(1:100)) 

rownames(dat) <- paste0('n',seq(1:100)) 

# ggplot 
p <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y = LongMethylationValue)) + 
    geom_point(size = 2) + geom_smooth(method = lm) + 
    geom_text(aes(label = rownames(dat)), vjust=-1.5, size = 3) 

# ggplotly 
ggplotly(p) 

Das ist wie ein Grundstück erstellt:

Wie stelle ich meine geom_text Optionen, so dass die Markierungen oben und nicht überlappen die Punkte erscheinen? Ich möchte meinen ggplot-Code beibehalten, damit er für verschiedene Anwendungen verwendet werden kann.

Danke!

Answer 1

Versuchen Sie folgendes:

plot_ly(data = dat, 
     x = LongExpressionValue, 
     y = LongMethylationValue, 
     text = rownames(dat), 
     marker = list(size = 10), 
     mode = "markers+text", 
     textposition = 'top center') 

es nicht wert ist zu hart an ggplot2 arbeiten, wenn Sie direkt an die Quelle gehen kann. Dies ist von unschätzbarem Wert: https://plot.ly/r/reference/

Alles in plot_ly oder in layout eine Liste von Listen, so dass Sie Ihre Parameter einfach einstellen können (man beachte marker = list(size = 10))

EDIT: Ein etwas schwieriger man die Macht des hoverinfo + Textes zeigt zusammen:

plot_ly(data = dat, 
     x = LongExpressionValue, 
     y = LongMethylationValue, 
     text = paste0(rownames(dat), 
         '<br>A:', 1:nrow(dat), #Examples of additional text 
         '<br>B:', sample(nrow(dat))), #Examples of additional text 
     hoverinfo = 'text+x+y', 
     marker = list(size = 10), 
     mode = "markers+text", 
     hoverinfo = 'text', 
     textposition = 'top right') 

Answer 2

Wenn Sie mit ggplot2 haften möchten und Ihre glatte Linie zu halten, könnte man leicht die Größe Ihres Punkt erhöhen und Ihr Etikett in jedem Punkt hinzufügen:

p <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y = LongMethylationValue)) + 
    geom_point(size = 7) + geom_smooth(method = lm) + 
    geom_text(aes(label = rownames(dat)), size = 2, color="white") 

# ggplotly 
ggplotly(p) 

Answer 3

Wenn Sie in ggplot2 bleiben möchten, müssen Sie auf die plotly_build Liste textposition Element anhängen. textposition fehlt in der ursprünglichen plotly_build auch wenn hjust und vjust Optionen festgelegt sind.

So funktioniert das:

#devtools::install_github("ropensci/plotly") # if not already done 
library(ggplot2) 
library(plotly) 
dat <- data.frame(LongExpressionValue = rnorm(1:100), 
       LongMethylationValue = rnorm(1:100), 
       LongCopyNumberValue = rnorm(1:100)) 

rownames(dat) <- paste0('n',seq(1:100)) 

gg <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y =LongMethylationValue)) + 
geom_point(size = 1) + 
geom_smooth(method = lm) + 
geom_text(aes(label = rownames(dat)), size = 3) 

p <- plotly_build(gg) 

length<-length(p$x$data) 
invisible(lapply(1:length, function(x) p$x$data[[x]]<<-c(p$x$data[[x]], textposition ='top center'))) 

p