Wie hier Apache DBSCANClusterer

Question

Ich habe eine Distanzmatrix wie erwähnt in der Frage verwenden:

Clustering with a distance matrix

Nun würde ich DBSCAN auf dieser Matrix, die die DBSCANclusterer.java Klasse von Apache ausführen möchte verwenden.

Die Methode 'Cluster' verwendet als Eingabe eine Sammlung von Punkten. Wie ist das Format dieser Punkte?

Mit Bezug auf die obige Matrix, was füge ich dem Sammelparameter hinzu?

Kann jemand bitte ein Code-Snippet einfügen? Ich möchte den Abstand angeben als:

A, B: 20 ​​ A, C: 20 . . .

Und dann, wenn ich mit dem Clustering fertig bin, sollten ähnliche Proben zusammen gruppiert werden.

Answer 1

Hoffe, das hilft.

public class App { 

public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException, IOException { 
    File[] files = getFiles("./files2/"); 

    DBSCANClusterer dbscan = new DBSCANClusterer(.05, 50); 
    List<Cluster<DoublePoint>> cluster = dbscan.cluster(getGPS(files)); 

    for(Cluster<DoublePoint> c: cluster){ 
     System.out.println(c.getPoints().get(0)); 
    }      
} 

private static File[] getFiles(String args) { 
    return new File(args).listFiles(); 
} 

private static List<DoublePoint> getGPS(File[] files) throws FileNotFoundException, IOException { 

    List<DoublePoint> points = new ArrayList<DoublePoint>(); 
    for (File f : files) { 
     BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(f)); 
     String line; 

     while ((line = in.readLine()) != null) { 
      try { 
       double[] d = new double[2]; 
       d[0] = Double.parseDouble(line.split(",")[1]); 
       d[1] = Double.parseDouble(line.split(",")[2]); 
       points.add(new DoublePoint(d)); 
      } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e) { 
      } catch(NumberFormatException e){ 
      } 
     } 
    } 
    return points; 
} 
} 

Beispieldaten:

12-01-99 11:31:01 AM, -40.010, -70.020 
12-01-99 11:32:01 AM, -41.010, -71.020 
12-01-99 11:33:01 AM, -42.010, -72.020 
12-01-99 11:34:01 AM, -43.010, -73.020 
12-01-99 11:35:01 AM, -40.010, -74.020 

mit allen Dateien in einem Ordner mit dem Ort erklärte im GetFiles Methode namens files2.