Python_Wählen längste AA-Sequenz

Question

Ich habe die folgenden Sequenzen und ich versuche, die längste Sequenz zu wählen. Ich weiß, dass es die Erste Sequenz ist, aber wie sage ich Python, um die Sequenz mit dem längsten Abstand zwischen M (Start) und * (Stopp) auszuwählen?

First= MATVEPETTPTPNPPTTEEEKTESNQEVANPEHYIKHPLQNRWALWFFKNDKSKTWQANLRLISKFDTVEDFWALYNHIQLSSNLMPGCDYSLFKDGIEPMWEDEKNKRGGRWLITLNKQQRRSDLDRFWLETLLCLIGESFDDYSDDVCGAVVNVRAKGDKIAIWTTECENREAVTHIGRVYKERLGLPPKIVIGYQSHADTATKSGSTTKNRFVV*  
Second= WRLSNRKPPLLLIPRLQKRRKRNLIRRLLTQNTILNIPYRTDGHSGFLKMIKAKLGKQTCG*SPSLILLKTFGLCTTISSCLVI*CLAVTTHFLRMVLSLCGKMRKTNGEDDG*LH*TNSRDEVTSIAFG*RHFCALLENLLMTTVMMYVALLLMLELKVIR*QYGLLNVKTEKLLHI*GGYTRKG*DFLQR**LVISPTQTQLLRAAPPLKIGLLF  
Third= GDCRTGNHPYS*SPDYRRGENGI*SGGC*PRTLY*TSPTEQMGTLVF*K**KQNLASKPAADLQV*YC*RLLGSVQPYPVV**FNAWL*LLTF*GWY*AYVGR*EKQTGRTMANYIEQTAETK*PRSLLARDTSVPYWRIF**LQ**CMWRCC*C*S*R**DSNMDY*M*KQRSCYTYREGIQGKVRTSSKDSDWLSVPRRHSY*ERLHH*K*VCCL  
Fourth= LNNKPIFSGGAALSSCVCVGLITNHYLWRKS*PFLVYPPYMCNSFSVFTFSSPYCYLITFSSNINNSATYIITVVIKRFSNKAQKCL*PKAIEVTSSLLFVQCN*PSSSPFVFLIFPHRLNTILKK*VVTARH*ITRQLDMVVQSPKVFNSIKLGDQPQVCLPSFAFIIFKKPECPSVL*GMFNIVFWVSNLLIRFRFLLFCSRGIRSRGGFRFDSRH  
Fifth= *TTNLFLVVEPLLVAVSAWD**PITIFGGSPNLSLYTLPICVTASLFSHSVVHIAILSPLALTLTTAPHTSSL*SSKDSPIRHRSVSSQKRSRSLRLCCLFNVISHRPPRLFFSSSHIGSIPSLKSE*SQPGIKLLDNWIWLYRAQKSSTVSNLEISRRFACQVLLLSFLKNQSAHLFCRGCLI*CSGLATS*LDSVFSSSVVGGLGVGVVSGSTVA  
Sixth= KQQTYF*WWSRS**LCLRGTDNQSLSLEEVLTFPCIPSLYV*QLLCFHIQ*SILLSYHL*L*H*QQRHIHHHCSHQKILQ*GTEVSLAKSDRGHFVSAVCSM*LAIVLPVCFSHLPT*AQYHP*KVSSHSQALNY*TTGYGCTEPKSLQQYQTWRSAAGLLAKFCFYHF*KTRVPICSVGDV*YSVLG*QPPD*IPFSPLL*SGD*E*GWFPVRQSP 

Answer 1

Um Ihnen die Längen Sie interessiert sind zu bekommen, hier ein paar grundlegende Befehle gestartet. Ich eine Funktion definiert, die die Länge zwischen den ersten Elementen der einzelnen Zeichen gefunden prüft.

First= 'MATVEPETTPTPNPPTTEEEKTESNQEVANPEHYIKHPLQNRWALWFFKNDKSKTWQANLRLISKFDTVEDFWALYNHIQLSSNLMPGCDYSLFKDGIEPMWEDEKNKRGGRWLITLNKQQRRSDLDRFWLETLLCLIGESFDDYSDDVCGAVVNVRAKGDKIAIWTTECENREAVTHIGRVYKERLGLPPKIVIGYQSHADTATKSGSTTKNRFVV*' 
Second= 'WRLSNRKPPLLLIPRLQKRRKRNLIRRLLTQNTILNIPYRTDGHSGFLKMIKAKLGKQTCGSPSLILLKTFGLCTTISSCLVICLAVTTHFLRMVLSLCGKMRKTNGEDDGLHTNSRDEVTSIAFGRHFCALLENLLMTTVMMYVALLLMLELKVIRQYGLLNVKTEKLLHIGGYTRKGDFLQR**LVISPTQTQLLRAAPPLKIGLLF' 
Third= 'GDCRTGNHPYSSPDYRRGENGISGGCPRTLYTSPTEQMGTLVFKKQNLASKPAADLQVYCRLLGSVQPYPVVFNAWLLLTFGWYAYVGREKQTGRTMANYIEQTAETKPRSLLARDTSVPYWRIFLQCMWRCCCS*R**DSNMDYMKQRSCYTYREGIQGKVRTSSKDSDWLSVPRRHSYERLHHK*VCCL' 
Fourth= 'LNNKPIFSGGAALSSCVCVGLITNHYLWRKSPFLVYPPYMCNSFSVFTFSSPYCYLITFSSNINNSATYIITVVIKRFSNKAQKCLPKAIEVTSSLLFVQCNPSSSPFVFLIFPHRLNTILKKVVTARHITRQLDMVVQSPKVFNSIKLGDQPQVCLPSFAFIIFKKPECPSVLGMFNIVFWVSNLLIRFRFLLFCSRGIRSRGGFRFDSRH' 
Fifth= '*TTNLFLVVEPLLVAVSAWD**PITIFGGSPNLSLYTLPICVTASLFSHSVVHIAILSPLALTLTTAPHTSSLSSKDSPIRHRSVSSQKRSRSLRLCCLFNVISHRPPRLFFSSSHIGSIPSLKSESQPGIKLLDNWIWLYRAQKSSTVSNLEISRRFACQVLLLSFLKNQSAHLFCRGCLICSGLATSLDSVFSSSVVGGLGVGVVSGSTVA' 
Sixth= 'KQQTYF*WWSRS**LCLRGTDNQSLSLEEVLTFPCIPSLYVQLLCFHIQSILLSYHLLHQQRHIHHHCSHQKILQGTEVSLAKSDRGHFVSAVCSMLAIVLPVCFSHLPTAQYHPKVSSHSQALNYTTGYGCTEPKSLQQYQTWRSAAGLLAKFCFYHFKTRVPICSVGDVYSVLGQPPDIPFSPLLSGDE*GWFPVRQSP' 

def sequence_length(string, char1, char2): 
    try: 
     return string.index(char2) - string.index(char1) 
    except ValueError: 
     return None 

print(sequence_length(First, 'M', '*')) 
print(sequence_length(Second, 'M', '*')) 
print(sequence_length(Third, 'M', '*')) 
print(sequence_length(Fourth, 'M', '*')) 
print(sequence_length(Fifth, 'M', '*')) 
print(sequence_length(Sixth, 'M', '*')) 

gibt diese:

217 
135 
98 
None 
None 
-89