Wie konvertiert man Werte in Spaltenvergleichsmuster in R

Question

Ich habe diesen Datenrahmen mydf. Die Spalte nucleotide könnte Buchstaben "A", "T", "G", "C" haben. Ich möchte den Buchstaben A zu T, C zu G, G zu C und T zu A ändern, wenn die Spalte strand '-' ist. Wie mache ich es?

mydf<- structure(list(seqnames = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("chr1", 
    "chr2", "chr3", "chr4", "chr5", "chr6", "chr7", "chr8", "chr9", 
    "chr10", "chr11", "chr12", "chr13", "chr14", "chr15", "chr16", 
    "chr17", "chr18", "chr19", "chr20", "chr21", "chr22", "chrX", 
    "chrY", "chrM"), class = "factor"), pos = c(115258748, 115258748, 
    115258748, 115258748), strand = structure(c(1L, 2L, 1L, 2L), .Label = c("+", 
    "-", "*"), class = "factor"), nucleotide = structure(c(2L, 2L, 
    2L, 2L), .Label = c("A", "C", "G", "T", "N", "=", "-"), class = "factor")), .Names = c("seqnames", 
    "pos", "strand", "nucleotide"), row.names = c(NA, 4L), class = "data.frame") 

Ergebnis

seqnames  pos strand nucleotide 
1  chr1 115258748  +   C 
2  chr1 115258748  -   G 
3  chr1 115258748  +   C 
4  chr1 115258748  -   G 

Answer 1

Für eine Eins-zu-Eins-Charakter der Übersetzung können Sie chartr() verwenden.

within(mydf, { 
    nucleotide[strand == "-"] <- chartr("ACGT", "TGCA", nucleotide[strand == "-"]) 
}) 
# seqnames  pos strand nucleotide 
# 1  chr1 115258748  +   C 
# 2  chr1 115258748  -   G 
# 3  chr1 115258748  +   C 
# 4  chr1 115258748  -   G 

Bitte beachte, dass ich within() hier verwendet, um zu vermeiden mydf$ viermal Beschreiben und die Änderung der ursprünglichen Daten zu speichern. Sie können auch Folgendes schreiben, aber bedenken Sie, dass Sie die ursprünglichen Daten ändern werden.

mydf$nucleotide[mydf$strand == "-"] <- 
    with(mydf, chartr("ACGT", "TGCA", nucleotide[strand == "-"]))