Ich versuche, einige vordefinierte Sequenz in Python zu drucken

Question

Ich versuche, mehr Absatz hinzuzufügen, aber Fehler bekommen? Ich bin in der Lage, ersten drei Absatz zu drucken, aber während ich versuche, zu mehr Absatz hinzuzufügen, der Fehler erhält. Kann jemand bitte korrigieren?

Eingabedatei:

HETATM10910 C4B NAD A 363  60.856 -58.575 149.282 1.00 40.44   C 
HETATM10911 O4B NAD A 363  61.320 -59.488 148.275 1.00 43.48   O 
HETATM10912 C3B NAD A 363  60.243 -57.426 148.473 1.00 40.37   C 
HETATM10914 C2B NAD A 363  60.167 -57.970 147.054 1.00 40.90   C 
HETATM10916 C1B NAD A 363  61.394 -58.766 147.056 1.00 43.29   C 
HETATM10954 C4B NAD B 363  41.496 -54.407 140.932 1.00 39.26   C 
HETATM10955 O4B NAD B 363  41.936 -54.715 139.568 1.00 41.96   O 
HETATM10956 C3B NAD B 363  42.061 -55.476 141.894 1.00 37.13   C 
HETATM10958 C2B NAD B 363  42.883 -56.336 140.942 1.00 38.13   C 
HETATM10960 C1B NAD B 363  42.233 -56.127 139.593 1.00 42.92   C 

Ich möchte Daten drucken, wie pro folgende:

HETATM 3788 C4B NAI A 302  52.695 15.486 8.535 1.00 57.28   C 
HETATM 3789 O4B NAI A 302  52.258 14.631 7.456 1.00 56.26   O 
HETATM 3794 C1B NAI A 302  53.348 13.816 7.022 1.00 53.44   C 
HETATM 3792 C2B NAI A 302  54.537 14.748 7.190 1.00 50.93   C 

HETATM 3789 O4B NAI A 302  52.258 14.631 7.456 1.00 56.26   O 
HETATM 3794 C1B NAI A 302  53.348 13.816 7.022 1.00 53.44   C 
HETATM 3792 C2B NAI A 302  54.537 14.748 7.190 1.00 50.93   C 
HETATM 3790 C3B NAI A 302  54.225 15.525 8.465 1.00 52.99   C 

HETATM 3794 C1B NAI A 302  53.348 13.816 7.022 1.00 53.44   C 
HETATM 3792 C2B NAI A 302  54.537 14.748 7.190 1.00 50.93   C 
HETATM 3790 C3B NAI A 302  54.225 15.525 8.465 1.00 52.99   C 
HETATM 3788 C4B NAI A 302  52.695 15.486 8.535 1.00 57.28   C 

HETATM 3792 C2B NAI A 302  54.537 14.748 7.190 1.00 50.93   C 
HETATM 3790 C3B NAI A 302  54.225 15.525 8.465 1.00 52.99   C 
HETATM 3788 C4B NAI A 302  52.695 15.486 8.535 1.00 57.28   C 
HETATM 3789 O4B NAI A 302  52.258 14.631 7.456 1.00 56.26   O 

HETATM 3790 C3B NAI A 302  54.225 15.525 8.465 1.00 52.99   C 
HETATM 3788 C4B NAI A 302  52.695 15.486 8.535 1.00 57.28   C 
HETATM 3789 O4B NAI A 302  52.258 14.631 7.456 1.00 56.26   O 
HETATM 3794 C1B NAI A 302  53.348 13.816 7.022 1.00 53.44   C 

gleiche Lüge, dass für jede Kette. Kette ID kann von A bis H. -Code sein:

import os 
import sys 

d = {} 
chainIDs = ('A', 'B', 'C', 'D',) 
atomIDs = ('C4B', 'O4B', 'C1B', 'C2B', 'C3B', 'C4B') 
with open('1A7K.pdb') as pdbfile: 
    for line in map(str.rstrip, pdbfile): 
     if line[:6] != "HETATM": 
      continue 
     chainID = line[21:22] 
     atomID = line[13:16].strip() 
     if chainID not in chainIDs: 
      continue 
     if atomID not in atomIDs: 
      continue 
     try: 
      d[chainID][atomID] = line 
     except KeyError: 
      d[chainID] = {atomID: line} 

n = 4 
for chain, atoms in d.items(): 
for atom, line in atoms.items(): 
    for i in range(len(atom)-n+1): 
     for j in range(n): 
      print d[chain][atomIDs[i+j]] 
     print 

Msg ist:

runfile('C:/Users/Desktop/test_python_2.py', wdir='C:/Users/Desktop') 

Answer 1

In Ihrem Code

for i in range(len(atomIDs)-n+1): 
    for j in range(len(i)-n+1): 
     for k in range(len((j))-n+1): 
      for l in range(n): 

Sie die Länge der i und j nehmen. Dies sind Ganzzahlen (aus dem Bereich erhalten), und als der Fehler, den Sie erhalten, haben int Objekte keine Länge als solche (mindestens so weit wie Pythons len Funktion betroffen ist).

Was genau versuchen Sie mit diesen for-Schleifen zu tun? Wenn Sie jede Zeile für jede Kette und jedes Atom drucken möchten, würde so etwas wie das Folgende funktionieren.

for chain, atoms in d.items(): 
    for atom, line in atoms.items(): 
     print line