R-Paket-Stapel, pbmcappy-Version, Windows

Question

Ich analysiere große genomische Datensätze (SNPs) und möchte den R-Paket-Stack (https://github.com/thierrygosselin/stackr) für Downstream-Filterung verwenden. Ich war der Versuch, durch den iterativen Prozess geht es zu installieren, musste ich ein anderes Paket, herauszufinden, dass die Installation und versuchte wieder, etc ... und kam dann gegen einen Stein des Anstoßes hier oben:

installing *source* package 'stackr' ... 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
    namespace 'pbmcapply' 1.0.0 is being loaded, but >= 1.1.3 is required 
ERROR: lazy loading failed for package 'stackr' 
* removing 'C:/Users/ELLABO~1/AppData/Local/Temp/Rtmp6d5f8n/Rinst3e1037d345b2/stackr' 

Während ich Habe das pbmcapply Paket, es ist Version 1.0.0. Ich sah, dass dieses Paket auf CRAN verfügbar ist, aber die Windows-Binärdateien sind nur Version 1.0.0 (was ich habe, und ich betreibe eine Windows-Maschine).

Package source: pbmcapply_1.2.1.tar.gz 
Windows binaries: r-devel: pbmcapply_1.0.0.zip, r-release: pbmcapply_1.0.0.zip, r-oldrel: pbmcapply_1.0.0.zip 
OS X Mavericks binaries: r-release: pbmcapply_1.2.1.tgz, r-oldrel: pbmcapply_1.2.1.tgz 

so habe ich heruntergeladen die Quelldatei, das versuchen, aber leider ist es nur UNIX (siehe unten)

ERROR: Unix-only package 
* removing 'D:/Documents/R/win-library/3.3/pbmcapply' 
Warning in install.packages : 
    running command '"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "D:\Documents\R\win-library\3.3" "C:/Users/ELLABO~1/DOWNLO~1/pbmcapply_1.2.1.tar.gz"' had status 1 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘C:/Users/ELLABO~1/DOWNLO~1/pbmcapply_1.2.1.tar.gz’ had non-zero exit status 

Ich arbeite in Rstudio Version 1.0.136, Rv3.3.1.

Irgendwelche Gedanken darüber, wie ich das umgehen könnte?

Answer 1

gut, so scheint es, gibt es nicht viel können Sie tun ...

Blick: https://cran.r-project.org/web/packages/pbmcapply/index.html

Das Paket auf nix arbeitet (Linux, Unix wie macOS) System nur aufgrund des Mangels der fork() -Funktion, die für mc erforderlich ist, gelten für Windows.

Möglichkeiten sehen ich:

1. zu Linux wechseln (schneller und besser :))
2. nehmen anderes Paket, das auch für Windows entwickelt

Answer 2

Ihr erstes Problem bezüglich (Abhängigkeiten der Abhängigkeiten nicht installiert), scheint ein Fehler in der CRAN-Version von install_github zu sein.

Es kann in der Regel durch die Installation der Entwicklungsversion devtools gelöst werden. Von einer sauberen r Sitzung versuchen:

devtools::install_github("hadley/devtools") 

HTH