mclapply Benutzer Zeit größer als die verstrichene Zeit

Question

Ich versuche mclapply Funktion des parallel Pakets in R zu verwenden. Die Funktion ordnet die Werte der Sequenzmatrix zu, indem sie die Log-Likelihood-Distanz berechnet - eine CPU-intensive Operation.

Die resultierenden system.time Werte sind verwirrend:

> system.time(mclapply(worksample,function(x){p_seqi_modj(x,worksample[[1]],c(1:17))})) 
    user system elapsed 
29.339 1.242 18.581 

Ich dachte, dass elapsed aggregierte Zeit bedeutet (user + system). Was bedeutet das obige Ergebnis in diesem Fall und zu welcher Zeit sollte ich mich orientieren? Meine nicht parallelisierte Version nimmt weniger in user Zeit und viel mehr in elapsed.

Answer 1

Die Hilfeseite ?system.time besagt, dass der von der Funktion zurückgegebene Wert ein Objekt der Klasse proc_time ist und dass wir uns mit ?proc.time beraten sollten. Dort erfahren wir, dass Anwender Zeit ist

cumulative sum of user and system times of any child processes 

so Ihre Aufgabe über 15s auf jedem Kern ausgegeben hat (mclapply standardmäßig mit 2 Kernen finden Sie in der mc.cores Argument).

Eigentlich sehen wir früher auf der Hilfeseite, proc.time() gibt fünf Elemente zurück, die die Prozess- und untergeordneten Zeiten trennen, und dass die beim Drucken verwendete Zusammenfassungsmethode die Benutzer- und Systemzeit in Prozess + untergeordnete Zeiten einbricht etwas mehr Informationen verfügbar.