wie .mat-V7.3-Datei mit h5py

Question

Ich habe .mat Datei importieren, die 3 Matrices A, B, C.

tatsächlich als unterhalb diese Matte Datei-I verwendet scipy.io zu importieren.

data = sio.loadmat('/data.mat') 
A = data['A'] 
B = data['B'] 
C = data['C'] 

Aber v7.3-Datei kann nicht auf diese Weise importieren verwenden. Also habe ich versucht, mit h5py zu importieren, aber ich weiß nicht, wie man h5py verwendet. Mein Code ist wie folgt.

f = h5py.File('/data.mat', 'r') 
A = f.get('/A') 
A = np.array('A') 

Welcher Teil ist falsch? Vielen Dank!

Answer 1

In Octave

>> A = [1,2,3;4,5,6]; 
>> B = [1,2,3,4]; 
>> save -hdf5 abc.h5 A B 

In IPython

In [138]: import h5py 
In [139]: f = h5py.File('abc.h5') 
In [140]: list(f.keys()) 
Out[140]: ['A', 'B'] 
In [141]: list(f['A'].keys()) 
Out[141]: ['type', 'value'] 
In [142]: f['A']['value'] 
Out[142]: <HDF5 dataset "value": shape (3, 2), type "<f8"> 
In [143]: A = f['A']['value'][:] 
In [144]: A 
Out[144]: 
array([[ 1., 4.], 
     [ 2., 5.], 
     [ 3., 6.]]) 

Siehe auch Links in der Seitenleiste.

Im Grunde ist es eine Frage von dem gewünschten Datensatz zu finden, und es dann, wie beschrieben Laden in http://docs.h5py.org/en/latest/high/dataset.html#reading-writing-data

https://pypi.python.org/pypi/hdf5storage/0.1.14 - Dieses Paket hat MATLAB MAT v7.3 file support. Ich habe es noch nicht benutzt.

---

In [550]: import hdf5storage 
In [560]: bar = hdf5storage.read(filename='abc.h5') 
In [561]: bar 
Out[561]: 
array([ ([(b'matrix', [[ 1., 4.], [ 2., 5.], [ 3., 6.]])], [(b'matrix', [[ 1.], [ 2.], [ 3.], [ 4.]])])], 
     dtype=[('A', [('type', 'S7'), ('value', '<f8', (3, 2))], (1,)), ('B', [('type', 'S7'), ('value', '<f8', (4, 1))], (1,))]) 

so dass die Datei wurde als strukturiertes Array geladen, mit Form (1,) und 2 Feldern, 'A' und 'B' (die 2 Variablennamen). Jeder hat seinerseits ein "type" - und ein "value" -Feld.

In [565]: bar['A']['value'] 
Out[565]: 
array([[[[ 1., 4.], 
     [ 2., 5.], 
     [ 3., 6.]]]]) 

Oder mit seiner loadmat:

In [570]: out = hdf5storage.loadmat('abc.h5',appendmat=False) 
In [571]: out 
Out[571]: 
{'A': array([(b'matrix', [[ 1., 4.], [ 2., 5.], [ 3., 6.]])], 
     dtype=[('type', 'S7'), ('value', '<f8', (3, 2))]), 
'B': array([(b'matrix', [[ 1.], [ 2.], [ 3.], [ 4.]])], 
     dtype=[('type', 'S7'), ('value', '<f8', (4, 1))])} 

out ist ein Wörterbuch:

In [572]: out['B']['value'] 
Out[572]: 
array([[[ 1.], 
     [ 2.], 
     [ 3.], 
     [ 4.]]]) 

Für eine einfache MATLAB-Datei liest diese nicht viel hinzuzufügen. Es kann mehr mit Zellen oder Strukturen hinzufügen. Aber für das Schreiben einer MATLAB-kompatiblen Datei sollte es eine große Hilfe sein (obwohl zum Schreiben könnte man bei scipy.io.savemat bleiben).