Anaconda allensdk NEURON Modell

Question

I Download Alle Neuronenmodell hat: NR5A1-Cre VISP Schicht 2/3 473.862.496

installiert Anaconda mit all erforderlichen Paketen, hat das NEURON: https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

jetzt wie tun ich benutze allensdk Paket ihr Modell durch die NEURON zu laufen,

sie haben eine Art Erklärung: http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

aber wo genau schreibe ich diesen Code? Python? Anaconda Prompt? Spinne?

Nicht Python nicht Anaconda den Code akzeptieren, wie es ist, also denke ich, dass ich zuerst auf das Allensdk-Paket zugreifen muss, wie mache ich das?

Vielen Dank.

Answer 1

Danke für die Frage. Das erste Beispiel in Ihrem Dokumentationslink zeigt, wie Sie ein Modell herunterladen können, wie Sie es wahrscheinlich getan haben. Dazu schreibe ich ein Python-Skript und führe es über die Eingabeaufforderung aus.

Das Skript sieht wie folgt aus:

from allensdk.api.queries.biophysical_api import BiophysicalApi 

bp = BiophysicalApi() 
bp.cache_stimulus = True # change to False to not download the large stimulus NWB file 
neuronal_model_id = 473862496 # here's your model 
bp.cache_data(neuronal_model_id, working_directory='neuronal_model') 

Sie können dies von der Eingabeaufforderung (Anaconda Eingabeaufforderung ist in Ordnung) wie folgt:

$ python <your_script_name.py> 

die Dokumentation nach unten bewegen, ist der nächste Schritt Um das Modell auszuführen, führen Sie Folgendes an der Eingabeaufforderung aus:

$ cd neuronal_model 
$ nrnivmodl ./modfiles # compile the model (only needs to be done once) 
$ python -m allensdk.model.biophysical.runner manifest.json 

Zuerst gehen Sie in das Arbeitsverzeichnis, das Sie im ersten Skript angegeben haben.

Als nächstes starten Sie eine NEURON-Binärdatei (nrnivmodl), die Ihre Moddateien kompiliert. Sie müssen NEURON mit Python-Bindings installiert haben und auf Ihrem PATH, um dies auszuführen. Ich bin mir nicht sicher, aber ich denke, das Kompilieren von Modfiles in Windows erfordert einen anderen Befehl/Workflow. Wenn das Betriebssystem ist, werde ich Sie hier verweisen, da ich mit NEURON auf Windows nicht allzu vertraut bin:

https://www.neuron.yale.edu/neuron/static/docs/nmodl/mswin.html

Weiter Sie ein Skript aufrufen mit dem allensdk verpackt Modelle für den Betrieb auf Basis von eine der Dateien, die wir im ersten Skript heruntergeladen haben (manifest.json).