2016-05-01 8 views
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Ich habe 24 Paare dieser Dateien (24 Dateien output.chr1 to 24_.vcf.gz und 24 Dateien Analysis.chr1 to 24_.output.vcf.gz). Ich versuche, diese entsprechenden Paare zusammenzuführen, um merged_file_.chr1 to 24_.vcf.gz Dateien zu erstellen. Wie kann ich eine solche Schleife im Bash-Skript bilden, um diesen folgenden Befehl zu verwenden?Bash-Schleife zum Erstellen indexierter zusammengeführter Dateien

vcf-merge output.chr1.vcf.gz Analysis.chr1.output.vcf.gz | \ 
    bgzip -c > ../dir_destination/merged_file_.chr1.vcf.gz 

Antwort

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for n in {1..24}; do 
    vcf-merge output.chr$n.vcf.gz Analysis.chr$n.output.vcf.gz | \ 
    bgzip -c > ../dir_destination/merged_file_.chr$n.vcf.gz 
done 
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