Ape-Paket - Extrahieren von Entfernungen zwischen Knoten

Question

Ich arbeite derzeit mit Ape-Paket. Meine Idee ist, Spitzenbeschriftungen zu extrahieren, die jedem Knoten und auch Abständen zwischen den Knoten entsprechen. Wie kann ich das machen?

Vielen Dank für Ihre Hilfe

Answer 1

Hier ist, wie in einem phylo Objektabstände zwischen den Knoten/Tipps zu interpretieren (beachten Sie, dass für dispRity::tree.age Sie dispRity von GitHub https://github.com/TGuillerme/dispRity installieren benötigen):

set.seed(1) 
tree <- rtree(5) 
tree$node.label <- paste0("n", 6:9) 
plot(tree) 
nodelabels(tree$node.labe) 
axisPhylo() 

## The distance between each tip 
cophenetic(tree) 

## The height of each tip and node 
library(dispRity) 
dispRity::tree.age(tree, order = "present") 

## The distance between each nodes/tips 
distances <- cbind(tree$edge, tree$edge.length) 
colnames(distances) <- c("from", "to", "distance") 
distances 

Diese Entfernungstabelle liest ab Element (Spitze/Knoten) n bis Element (Spitze/Knoten) m. Die Nummerierung funktioniert wie folgt: 1 ist der erste Tipp im Baum (tree$tip.label[1]), 2 ist der zweite usw. 6 (Anzahl der Tipps + 1) ist der erste Knoten im Baum (tree$node.label[1]) usw.