2 Farbe Heatmap in R mit dem mittleren Farbe auf einen bestimmten Wert verankert

Diese Heatmap Bild in Excel erstellt wurde, aber als ich versuche, RI lernen möchte, wissen, wie eine Heatmap wie die2 Farbe Heatmap in R mit dem mittleren Farbe auf einen bestimmten Wert verankert

mit R. zu machen Excel HeatMap

Gerade jetzt, dieser Code funktioniert, aber nicht so wie es sollte eigentlich ...

(p <- ggplot(melt(heat), aes(Var2, Var1)) 
+ geom_tile(aes(fill = value), colour = "white") 
+ scale_fill_gradient(low = "red", high = "green"))

Ich mag würde zwei Steigungen haben, grün (höchster Wert) bis weiß (die Nummer 1000) zu rot (niedrigster Wert) Ist es in R möglich?

Wärme-Datensatz:

> heat[0:10,0:10] 
      [,1]  [,2]  [,3]  [,4]  [,5]  [,6]  [,7]  [,8]  [,9]  [,10] 
[1,] 1000.000 0.000 0.0000 0.0000 757.0317 709.3896 843.7676 932.2801 0.0000 1016.7203 
[2,] 1087.658 1000.000 0.0000 0.0000 935.5829 854.5110 889.5042 1091.4610 929.1611 0.0000 
[3,] 1181.599 1361.953 1000.0000 0.0000 0.0000 1102.1590 1147.1300 984.1374 969.0718 1058.3456 
[4,] 1319.012 1405.954 1187.5215 1000.0000 0.0000 1093.8854 1195.7298 1077.0797 1119.4640 1159.5207 
[5,] 0.000 0.000 909.1927 817.5097 1000.0000 0.0000 1101.2891 1064.6516 1037.1623 990.3974 
[6,] 0.000 0.000 0.0000 0.0000 887.7498 1000.0000 1015.9835 1062.1668 1105.2163 983.2319 
[7,] 0.000 0.000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1000.0000 911.0699 1026.1989 951.3572 
[8,] 0.000 0.000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1000.0000 834.8725 927.6802 
[9,] 1261.824 0.000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1000.0000 795.6285 
[10,] 0.000 1121.210 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1000.0000

Quelle

2012-12-22 Guilherme Coutinho

sollte es möglich sein, wenn Sie ein reprooducible Beispiel geben? http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-beispiel – agstudy

Beispiel enthalten. –

können Sie verwenden? scale_fill_gradientn

gving Sie Werte:

library(scales) 
    heat.dat <- heat[0:10,0:10] 
    dat <- expand.grid(var1=1:10, var2=1:10) 
    dat$value <- melt(heat.dat)$value 
    ggplot(dat, aes(x=var1,y=var2))+ 
     geom_tile(aes(fill = value),colour='white')+ 
     scale_fill_gradientn(colours=c("red","white","green"), 
     values = rescale(c(min(dat$value), 1000, max(dat$value)))

enter image description here

Mit Lattice:

with(dat, 
levelplot(round(value,0)~y*x, 
      dat, 
      panel=function(...) { 
       arg <- list(...) 
       panel.levelplot(...) 
       panel.text(arg$x, arg$y,arg$z)}, 
      scales = list(y = list(at=y,labels=y), 
         x = list(at=y,labels=y)), 
      col.regions = colorRampPalette(c("red", "white", "green"),interpolate ='spline')) 
)

enter image description here

Quelle

2012-12-22 06:04:35 agstudy

Danke für die Hilfe. Ich habe es nach ein wenig mehr Google-Forschung zwickt: '(p <- ggplot (Schmelze (Hitze [0: 10,0: 10]), AES (Var2, Var1)) + geom_tile (aes (fill = Wert), color = "white") + scale_fill_gradientn (Farben = c ("rot", "weiß", "grün"), Werte = rescale (c (min (heat [0: 10,0: 10]), 1000, max (hitze [0: 10,0: 10]))), guide = "colorbar")) ' Auf diese Weise wird die Zahl 1000 immer weiß und die anderen Farben werden entsprechend positioniert. –

stellt sich Ihnen diese Frage? aber ich denke, wenn Sie wollen, dass Zahlen als Excel angezeigt werden, ist es besser, in diesem Fall levelplot des Gitterpakets zu verwenden, hier ein Beispiel http://stackoverflow.com/questions/13895480/how-to-show-matrix- values-on-levelplot/13895940 # 13895940 – agstudy

Wie machen Sie das, dass die Zellen in den ursprünglichen Daten mit den Zellen übereinstimmen, die mit ggplot geplottet werden? Die Werte sind invertiert. – GabrielMontenegro

Neben der Antwort und Kommentare von/zu agstudy, Sie können auch reine ggplot Syntax und ordnen Sie die Etiketten innerhalb der aes() über label verwenden:

heat=structure(c(1000, 1087.658, 1181.599, 1319.012, 0, 0, 0, 0, 261.824,0, 0, 1000, 1361.953, 1405.954, 0, 0, 0, 0, 0, 1121.21, 0, 0,1000, 187.5215, 909.1927, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1000, 817.5097,0, 0, 0, 0, 0, 57.0317, 935.5829, 0, 0, 1000, 887.7498, 0, 0,0, 0, 709.3896, 854.511, 1102.159, 093.8854, 0, 1000, 0, 0,0, 0, 843.7676, 889.5042, 1147.13, 1195.7298, 1101.2891, 015.9835,1000, 0, 0, 0, 932.2801, 1091.461, 984.1374, 1077.0797, 1064.6516,1062.1668, 911.0699, 1000, 0, 0, 0, 929.1611, 969.0718, 1119.464,1037.1623, 1105.2163, 1026.1989, 834.8725, 1000, 0, 1016.7203,0, 058.3456, 1159.5207, 990.3974, 983.2319, 951.3572, 927.6802,795.6285, 1000), Dim c(10L, 10L), .Dimnames = list(NULL, NULL)) 

    heat_melted = reshape2::melt(heat[10:0,0:10]) 

    ggplot(heat_melted, aes(Var2, Var1, label = round(value))) + 
    geom_tile(aes(fill = value), colour = "white") + 
    scale_fill_gradientn(colours=c("red", "white", "green"), 
    values=rescale(c(min(heat_melted$value), 1000, max(heat_melted$value))), guide="colorbar") + 
    geom_text()

plot

Quelle

2017-05-31 08:42:04

2 Farbe Heatmap in R mit dem mittleren Farbe auf einen bestimmten Wert verankert

Antwort

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