Rmarkdown findet keinen Bibliothekspfad

Question

Mit macOS 10.12 versuche ich eine Rmd-Datei vom Terminal zu stricken. Ich habe gerade R von Homebrew installiert, aber wenn ich versuche, die folgenden:

$ Rscript -e "rmarkdown::render('test.Rmd')" 

ein Fehler angezeigt:

Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘rmarkdown’ 
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> 
Execution halted 

Ich gehe davon aus, Basis auf dieser related question, dass man die Bibliothek exportieren müssten .

Also habe ich versucht, in R Studio:

> .libPaths() 
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library" 

und dann im Terminal:

$ export R_LIB= usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 

aber dies wirft einen Fehler:

-bash: export: `usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library': not a valid identifier 

Irgendwelche Vorschläge, wie es weitergehen von hier würde sehr geschätzt werden!

Answer 1

Sie können keine Leerzeichen um das Zeichen = bei der Zuweisung in bash haben. Dies ist die Ursache für den Fehler "kein gültiger Bezeichner".

export R_LIB=usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 

Dies wird Ihre Bash Problem zu lösen, aber ich bin nicht sicher, was Sie versuchen, in R. zu erreichen finde ich es mehr als unwahrscheinlich, dass Sie ein usr/Library Verzeichnis haben. Sie können einstellen, an environment variableR_LIBS_USER aufgerufen, sagt R wo für anwenderspezifische Bibliotheken zu suchen, sowie R_LIBS:

The library search path is initialized at startup from the environment variable R_LIBS (which should be a colon-separated list of directories at which R library trees are rooted) followed by those in environment variable R_LIBS_USER . Only directories which exist at the time will be included.

By default R_LIBS is unset, and R_LIBS_USER is set to directory ‘ R/R.version$platform-library/x.y ’ of the home directory (or ‘ Library/R/x.y/library ’ for CRAN macOS builds), for R x.y.z.

ich Sie vermuten, dass für sein kann suchen:

export R_LIBS=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 

Oder, wenn es Benutzer ist spezifisch:

export R_LIBS=$HOME/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library