Wie zeigt man ein Netzwerk an, das von networkx in cytoscape.js generiert wurde?

Wie kann ich das Netzwerk anzeigen, das von networkx in Cytoscape.js generiert wurde?Wie zeigt man ein Netzwerk an, das von networkx in cytoscape.js generiert wurde?

Ich habe versucht JSON Daten von networkx generiert, scheint es nicht funktioniert. Alle Kanten sind weg. JSON erzeugt durch NetworkX wie folgt:

{ 
"directed":false, 
"graph":{ 

}, 
"nodes":[ 
    { 
     "id":"P40012" 
    }, 
    { 
     "id":"P53963" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12265" 
    }, 
    { 
     "id":"P35728" 
    }, 
    { 
     "id":"P53270" 
    }, 
    { 
     "id":"P40559" 
    }, 
    { 
     "id":"P53066" 
    }, 
    { 
     "id":"P52960" 
    }, 
    { 
     "id":"P47125" 
    }, 
    { 
     "id":"Q04895" 
    }, 
    { 
     "id":"P54074" 
    }, 
    { 
     "id":"P21672" 
    }, 
    { 
     "id":"P53077" 
    }, 
    { 
     "id":"P36145" 
    }, 
    { 
     "id":"P31109" 
    }, 
    { 
     "id":"P35194" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12447" 
    }, 
    { 
     "id":"P43580" 
    }, 
    { 
     "id":"Q04659" 
    }, 
    { 
     "id":"P53170" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12377" 
    }, 
    { 
     "id":"Q3E742" 
    }, 
    { 
     "id":"Q05787" 
    }, 
    { 
     "id":"Q06263" 
    }, 
    { 
     "id":"P54862" 
    }, 
    { 
     "id":"P32802" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12365" 
    }, 
    { 
     "id":"P38264" 
    }, 
    { 
     "id":"P32477" 
    }, 
    { 
     "id":"P20484" 
    }, 
    { 
     "id":"Q04344" 
    }, 
    { 
     "id":"Q03825" 
    }, 
    { 
     "id":"P06778" 
    }, 
    { 
     "id":"P17536" 
    }, 
    { 
     "id":"Q07355" 
    }, 
    { 
     "id":"Q06630" 
    }, 
    { 
     "id":"P29055" 
    }, 
    { 
     "id":"Q08208" 
    }, 
    { 
     "id":"Q08206" 
    }, 
    { 
     "id":"P25719" 
    }, 
    { 
     "id":"P38150" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12504" 
    }, 
    { 
     "id":"P53550" 
    }, 
    { 
     "id":"P34077" 
    }, 
    { 
     "id":"Q04430" 
    }, 
    { 
     "id":"P31412" 
    }, 
    { 
     "id":"P38959" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12157" 
    }, 
    { 
     "id":"P36016" 
    }, 
    { 
     "id":"P53397" 
    }, 
    { 
     "id":"P38322" 
    }, 
    { 
     "id":"P38323" 
    }, 
    { 
     "id":"P33895" 
    }, 
    { 
     "id":"Q05979" 
    }, 
    { 
     "id":"P47164" 
    }, 
    { 
     "id":"Q04502" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12471" 
    }, 
    { 
     "id":"P25646" 
    }, 
    { 
     "id":"Q08683" 
    }, 
    { 
     "id":"Q03735" 
    }, 
    { 
     "id":"P25567" 
    }, 
    { 
     "id":"Q05518" 
    }, 
    { 
     "id":"Q07786" 
    }, 
    { 
     "id":"P29461" 
    }, 
    { 
     "id":"Q06338" 
    }, 
    { 
     "id":"P37267" 
    }, 
    { 
     "id":"P40961" 
    }, 
    { 
     "id":"P38331" 
    }, 
    { 
     "id":"P53206" 
    }, 
    { 
     "id":"P32048" 
    }, 
    { 
     "id":"P27614" 
    }, 
    { 
     "id":"Q07791" 
    }, 
    { 
     "id":"P10964" 
    }, 
    { 
     "id":"P21734" 
    }, 
    { 
     "id":"Q6B0W0" 
    }, 
    { 
     "id":"P36051" 
    }, 
    { 
     "id":"P0C0V8" 
    }, 
    { 
     "id":"Q03465" 
    }, 
    { 
     "id":"O14468" 
    }, 
    { 
     "id":"P38634" 
    }, 
    { 
     "id":"Q03788" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12122" 
    }, 
    { 
     "id":"P46949" 
    }, 
    { 
     "id":"Q03782" 
    }, 
    { 
     "id":"P34247" 
    }, 
    { 
     "id":"P38358" 
    }, 
    { 
     "id":"Q04371" 
    }, 
    { 
     "id":"Q03778" 
    }, 
    { 
     "id":"P53113" 
    }, 
    { 
     "id":"Q08922" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12115" 
    }, 
    { 
     "id":"P35732" 
    }, 
    { 
     "id":"P40317" 
    }, 
    { 
     "id":"P46970" 
    }, 
    { 
     "id":"P38994" 
    }, 
    { 
     "id":"Q12297" 
    }, 
    { 
     "id":"P23624" 
    }, 
    { 
     "id":"P26364" 
    }, 
    { 
     "id":"P0CX10" 
    }, 
    { 
     "id":"P15646" 
    } 
], 
"links":[ 
    { 
     "source":11, 
     "target":48 
    }, 
    { 
     "source":11, 
     "target":36 
    }, 
    { 
     "source":15, 
     "target":99 
    }, 
    { 
     "source":18, 
     "target":46 
    }, 
    { 
     "source":20, 
     "target":51 
    }, 
    { 
     "source":20, 
     "target":77 
    }, 
    { 
     "source":24, 
     "target":27 
    }, 
    { 
     "source":25, 
     "target":85 
    }, 
    { 
     "source":27, 
     "target":75 
    }, 
    { 
     "source":27, 
     "target":85 
    }, 
    { 
     "source":29, 
     "target":99 
    }, 
    { 
     "source":29, 
     "target":37 
    }, 
    { 
     "source":33, 
     "target":60 
    }, 
    { 
     "source":35, 
     "target":60 
    }, 
    { 
     "source":37, 
     "target":63 
    }, 
    { 
     "source":42, 
     "target":91 
    }, 
    { 
     "source":47, 
     "target":58 
    }, 
    { 
     "source":48, 
     "target":54 
    }, 
    { 
     "source":52, 
     "target":83 
    }, 
    { 
     "source":57, 
     "target":91 
    }, 
    { 
     "source":60, 
     "target":91 
    }, 
    { 
     "source":60, 
     "target":99 
    }, 
    { 
     "source":72, 
     "target":99 
    } 
], 
"multigraph":false 
}

Gibt es noch andere Möglichkeiten, ein Netzwerk von NetworkX in Cytoscape.js erzeugt zeigen? Ich weiß, dass networkx nach GEXF, GML, JSON exportieren kann. Wie kann ich es in Cytoscape.js zeigen?

Quelle

2017-07-27 hcnak

Es sieht für mich wie die Kanten sind da. Es gibt viele Daten in "Links". Sind das nicht die Kanten? – Joel

Es sieht so aus: http://imgur.com/gallery/yKvlu nur ein Kreis aus Knoten, aber keine Kanten. – hcnak

Library to import gml

Kanten (keine Links), müssen ids in Cytoscape. Im Allgemeinen sollte es so aussehen.

{ 
    data: { 
    id: 'something', 
    source: 'source id' 
    target: 'target id' 
    } 
}

dies sollte ziemlich einfach sein, von der networkx Eingabe zu analysieren.

documentation for cytoscape's format

Quelle

2017-07-27 07:39:45

Sie haben recht, ich habe dieses Problem gelöst, indem ich eine Transformationsfunktion hinzugefügt habe, die Netzwerkdaten in das von Cytoscape.js akzeptierte JSON-Format konvertiert. Vielen Dank. – hcnak

ich dieses Problem gelöst haben, indem sie die NetworkX Knoten und Kanten von Cytoscape.js akzeptiert JSON-Format manuell konvertieren.

-Code ist wie folgt:

# this function is used to convert networkx to Cytoscape.js JSON format 
# returns string of JSON 
def convert2cytoscapeJSON(G): 
    # load all nodes into nodes array 
    final = {} 
    final["nodes"] = [] 
    final["edges"] = [] 
    for node in G.nodes(): 
     nx = {} 
     nx["data"] = {} 
     nx["data"]["id"] = node 
     nx["data"]["label"] = node 
     final["nodes"].append(nx.copy()) 
    #load all edges to edges array 
    for edge in G.edges(): 
     nx = {} 
     nx["data"]={} 
     nx["data"]["id"]=edge[0]+edge[1] 
     nx["data"]["source"]=edge[0] 
     nx["data"]["target"]=edge[1] 
     final["edges"].append(nx) 
    return json.dumps(final)

Bei einem NetworkX Graphen G, diese Funktion wird die JSON-String direkt zurück.

Quelle

2017-07-27 13:45:01 hcnak

Wie zeigt man ein Netzwerk an, das von networkx in cytoscape.js generiert wurde?

Antwort

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