Python Runtime Fehler beim Ausführen von T-Test

Question

Ich rufe eine Python-Funktion, um "T-Test" aus meinem C++ - Code zu berechnen. Der Funktionsaufruf wird wie folgt vorgenommen:

#include <iostream> 
#include "Python.h" 
#include "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h" 

#define NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION 

int main(int argc, char** argv) 
{ 
    Py_Initialize(); 

    PyRun_SimpleString("import sys"); 
    PyRun_SimpleString("sys.path.append(\"PATH_TO_MOD\")"); 
    PyObject *pName = PyString_FromString("tmpPyth"); 
    PyObject *pModule = PyImport_Import(pName); 


    double arr[] ={9.74219, 10.2226, 8.7469, 8.69791, 9.96442, 9.96472, 9.37913, 9.75004}; 
    double arr1[] ={9.74219, 10.2226, 8.7469, 8.69791, 9.96442, 9.96472, 9.37913, 9.75004}; 

    PyObject *lst = PyList_New(8); 
    PyObject *lst1 = PyList_New(8); 
    // if (!lst) 
    //  return NULL; 
    for (int i = 0; i < 8; i++) { 
     PyObject *num = PyFloat_FromDouble(arr[i]); 
     PyObject *num1 = PyFloat_FromDouble(arr1[i]); 
     PyList_SET_ITEM(lst, i, num); 
     PyList_SET_ITEM(lst1, i, num1); 
    } 

    PyObject *pArgs = PyTuple_New(2); 
    PyTuple_SetItem(pArgs, 0, lst); 
    PyTuple_SetItem(pArgs, 1, lst1); 

    if (pModule != NULL) { 
     PyObject *pFunc = PyObject_GetAttrString(pModule, "blah"); 

     if(pFunc != NULL){ 
      PyObject_CallObject(pFunc, pArgs); 
     } 
    } 
    else 
     std::cout << "Module path provided may be wrong. Module not found.\n\n"; 
    return 0; 
} 

Und mein Python-Modul ist wie folgt definiert:

import numpy 
import scipy 
import matplotlib 

from scipy import stats 
def blah(baseline, follow_up): 
    paired_sample = stats.ttest_rel(baseline , follow_up) 
    print "The t-statistic is %.3f and the p-value is %.3f." % paired_sample 

Jetzt, wenn ich versuche, dies zu laufen bekomme ich die folgende Laufzeitausnahme:

/usr/local/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/scipy/stats/stats.py:3458: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide 
    t = np.divide(dm, denom) 

Aber wenn ich explizit eine Liste definiere und versuche, die "t-test" -Funktion auszuführen, läuft sie gut. Die Lauffunktionsdefinition lautet wie folgt:

import numpy 
import scipy 
import matplotlib 

from scipy import stats 

    def blah(): 
     baseline = [9.74219, 10.2226, 8.7469, 8.69791, 9.96442, 9.96472, 9.37913, 9.75004] 
     follow_up = [9.94227,9.46763,8.53081,9.43679,9.97695,10.4285,10.159,8.86134] 
     paired_sample = stats.ttest_rel(baseline , follow_up) 
     print "The t-statistic is %.3f and the p-value is %.3f." % paired_sample 

Ich gehe davon aus, dass ich einige Fehler mache die Listen bei der Festlegung auf den Python-Skript übergeben werden kann aber nicht herausfinden, was. Jede Hilfe wäre willkommen.

Answer 1

arr1 in Ihrem C++ - Code ist identisch mit arr, daher die Division durch Null. Da baseline und follow_up in Ihrem Python-Code unterschiedlich sind, erhalten Sie keinen Fehler.

Bei größeren Arrays sollten Sie sie nicht über Python-Listen marshalieren, sondern stattdessen die Arrays direkt an Python senden. Ich habe den Code oben geändert, dies zu tun:

-- pyfromc.cc -- 
#include <iostream> 
#include <Python.h> 

int main(int argc, char** argv) 
{ 
    Py_Initialize(); 

    PyRun_SimpleString("import sys; sys.path.append('.')"); 
    // PyRun_SimpleString("print '\\n'.join(sys.path)"); 
    PyObject *pName = PyString_FromString("ttest"); 
    PyObject *pModule = PyImport_Import(pName); 

    double arr[] ={9.74219, 10.2226, 8.7469, 8.69791, 9.96442, 9.96472, 9.37913, 9.75004}; 
    double arr1[] ={9.94227,9.46763,8.53081,9.43679,9.97695,10.4285,10.159,8.86134}; 

    PyObject *pArgs = PyTuple_New(3); 
    PyTuple_SetItem(pArgs, 0, PyLong_FromLong(8)); 
    PyTuple_SetItem(pArgs, 1, PyLong_FromVoidPtr(arr)); 
    PyTuple_SetItem(pArgs, 2, PyLong_FromVoidPtr(arr1)); 

    if (pModule != NULL) { 
     PyObject *pFunc = PyObject_GetAttrString(pModule, "blahptr"); 

     if(pFunc != NULL){ 
      PyObject_CallObject(pFunc, pArgs); 
     } 
    } 
    else 
     std::cout << "Module path provided may be wrong. Module not found.\n\n"; 
    return 0; 
} 

und auf der Python-Seite:

-- ttest.py -- 
from ctypes import POINTER, c_double, cast 
c_double_p = POINTER(c_double) 

import numpy as np 
from scipy import stats 

def blahptr(n, baseline_ptr, follow_up_ptr): 
    baseline = np.ctypeslib.as_array(cast(baseline_ptr, c_double_p), shape=(n,)) 
    follow_up = np.ctypeslib.as_array(cast(follow_up_ptr, c_double_p), shape=(n,)) 
    return blah(baseline, follow_up) 

def blah(baseline, follow_up): 
    paired_sample = stats.ttest_rel(baseline , follow_up) 
    print "The t-statistic is %.3f and the p-value is %.3f." % paired_sample 
    return paired_sample 

Um den Code auf Mac OS XI verwendet die folgenden kompilieren und ausführen:

$ PYENV=/path/to/python/env 
$ c++ pyfromc.cc -I$PYENV/include/python2.7 -L$PYENV/lib -lpython2.7  
$ PYTHONHOME=$PYENV DYLD_LIBRARY_PATH=$PYENV/lib ./a.out 
The t-statistic is -0.187 and the p-value is 0.857. 

Durch Festlegen der Umgebungsvariablen in derselben Zeile wie die ausführbare Datei legt der Bash-Interpreter sie nur für die Dauer des Befehls und nicht für andere Befehle fest.