dendextend: color_branches funktioniert nicht für bestimmte hclust-Methoden

Question

Ich verwende R dendextend-Paket, um hclust-Baumobjekte zu plotten, die von jeder hclust-Methode aus hclust generiert werden {stats}: "ward.D", "ward.D2", "single", "vollständig", "durchschnittlich" (= UPGMA), "mcquitty" (= WPGMA), "Median" (= WPGMC) oder "Zentroid" (= UPGMC).

Ich bemerke, dass die Farbcodierung für color_branches fehlschlägt, wenn ich method = "median" oder "centroid" verwende.

Ich testete es mit zufällig generierten Matrix und Fehler wird für die "Median" und "Zentroid" Methoden repliziert, gibt es einen bestimmten Grund dafür?

Bitte beachten Sie den Link für die Ausgangs Stellplätze: fig1. hclust methods (a) ward.D2, (b) median, (c) centroid

library(dendextend) 
set.seed(1) 
df <- as.data.frame(replicate(10, rnorm(20))) 
df.names <- rep(c("black", "red", "blue", "green", "cyan"), 2) 
df.col <- rep(c("black", "red", "blue", "green", "cyan"), 2) 
colnames(df) <- df.names 
df.dist <- dist(t(df), method = "euclidean") 

# plotting works for "ward.D", "ward.D2", "single", "complete", "average", "mcquitty" 
dend <- as.dendrogram(hclust(df.dist, method = "ward.D2"), labels = df.names) 
labels_colors(dend) <- df.col[order.dendrogram(dend)] 
dend.colorBranch <- color_branches(dend, k = length(df.names), col = df.col[order.dendrogram(dend)]) 
dend.colorBranch %>% set("branches_lwd", 3) %>% plot(horiz = TRUE) 

# color_branches fails for "median" or "centroid" 
dend <- as.dendrogram(hclust(df.dist, method = "median"), labels = df.names) 
labels_colors(dend) <- df.col[order.dendrogram(dend)] 
dend.colorBranch <- color_branches(dend, k = length(df.names), col = df.col[order.dendrogram(dend)]) 
dend.colorBranch %>% set("branches_lwd", 3) %>% plot(horiz = TRUE) 

dend <- as.dendrogram(hclust(df.dist, method = "centroid"), labels = df.names) 
labels_colors(dend) <- df.col[order.dendrogram(dend)] 
dend.colorBranch <- color_branches(dend, k = length(df.names), col = df.col[order.dendrogram(dend)]) 
dend.colorBranch %>% set("branches_lwd", 3) %>% plot(horiz = TRUE) 

ich dendextend_1.4.0 verwende. Sitzungsinfo unten:

sessionInfo() 
R version 3.3.2 (2016-10-31) 
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 
Running under: macOS Sierra 10.12.3 

Danke.

Answer 1

Sie dieses Problem lösen können mit branches_attr_by_clusters (obwohl es ein bisschen schwierig bekommen könnte, siehe Beispiel unten):

library(dendextend) 
set.seed(1) 
df <- as.data.frame(replicate(10, rnorm(20))) 
df.names <- rep(c("black", "red", "blue", "green", "cyan"), 2) 
df.col <- rep(c("black", "red", "blue", "green", "cyan"), 2) 
colnames(df) <- df.names 
df.dist <- dist(t(df), method = "euclidean") 

# plotting works for "ward.D", "ward.D2", "single", "complete", "average", "mcquitty" 
dend <- as.dendrogram(hclust(df.dist, method = "ward.D2"), labels = df.names) 
labels_colors(dend) <- df.col[order.dendrogram(dend)] 
dend.colorBranch <- color_branches(dend, k = length(df.names), col = df.col[order.dendrogram(dend)]) 
dend.colorBranch %>% set("branches_lwd", 3) %>% plot(horiz = TRUE) 

# color_branches fails for "median" or "centroid" 
dend <- as.dendrogram(hclust(df.dist, method = "median"), labels = df.names) 
aa <- df.col[order.dendrogram(dend)] 
labels_colors(dend) <- aa 
dend.colorBranch <- color_branches(dend, k = length(df.names), col = df.col[order.dendrogram(dend)]) 
dend.colorBranch %>% set("branches_lwd", 3) %>% plot(horiz = TRUE) 

aa <- factor(aa, levels = unique(aa)) 
dend %>% branches_attr_by_clusters(aa, value = levels(aa)) %>% plot