Formatieren Histogramm X-Achse bei der Arbeit mit Daten mit R

Question

Ich bin dabei, eine epidemische Kurve (Histogramm der Anzahl der Fälle einer Krankheit pro Tag) mit R, und bin ein wenig kämpfen mit der Formatierung der X-Achse .

Ich bin mir bewusst, dass ggplot sehr schönes Graphen gibt und leicht manipulierbare Achsen (Understanding dates and plotting a histogram with ggplot2 in R), aber in diesem Fall ziehe ich den hist() Befehl verwenden, weil ich beschreibe 2 verschiedene Muster zur gleichen Zeit, wie weiter unten (I don ‚t denken Sie etwas ähnliches in ggplot tun können):

das Problem hierbei ist, dass die x-Achse nicht im ersten Fall beginnt, hat zu viele Teilstriche, und ich möchte in der Lage sein, einen systematischen Datumsmarker zu haben, z. alle 7 Tage oder jeden 1. des Monats.

Die Daten werden in einer Datenbank (dat.geo) als eine Zeile pro Verdacht, mit Informationen über Datum des Beginns und Vorort (ob schwarz oder weiß in Histogramm), wie im folgenden gespeichert:

> head(dat.geo) 
    number age sex  suburb Date_of_Onset 
1  1 12 F   x 2011-10-11 
2  2 28 M   x 2011-10-10 
3  3 15 F   x 2011-10-12 
4  4 12 M   y 2011-10-25 
5  5 10 F   x 2011-10-15 
6  6 9 M   y 2011-10-20 

hier ist mein Code:

pdf(file='1.epi.curve.pdf') 
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="x")], "days", 
format = "%d %b %y", freq=T, col=rgb(0,0,0,1), axes=T, main="", add=T) 
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="y")], "days", 
format = "%d %b %y", freq=T, main="", col=rgb(1,1,1,.6), add=T, axes=F) 
dev.off() 

ich versucht habe, die Unterdrückung der Achse und das Hinzufügen einer manipulierten man später mit diesem Code

axis(1, labels=T) 
axis(2) 

aber das ist, was ich (und ich habe keine Ahnung, wie das manipulieren):

Ihre Hilfe wird sehr geschätzt!

dank

Answer 1

Da Sie uns effektiv eine ggplot Lösung bereitzustellen, in Frage gestellt, hier ist es:

dates <- seq(as.Date("2011-10-01"), length.out=60, by="+1 day") 

set.seed(1) 
dat <- data.frame(
    suburb <- rep(LETTERS[24:26], times=c(100, 200, 300)), 
    Date_of_Onset <- c(
    sample(dates-30, 100, replace=TRUE), 
    sample(dates, 200, replace=TRUE), 
    sample(dates+30, 300, replace=TRUE) 
) 
) 

library(scales) 
library(ggplot2) 
ggplot(dat, aes(x=Date_of_Onset, fill=suburb)) + 
    stat_bin(binwidth=1, position="identity") + 
    scale_x_date(breaks=date_breaks(width="1 month")) 

Beachten Sie die Verwendung von position="identity" jeden Takt zu zwingen, auf der Achse stammen, sonst hat man eine bekommen gestapeltes Diagramm standardmäßig.

Answer 2

Es gibt zwei Lösungen zur Verfügung; 1 unter Verwendung hist() und die andere unter Verwendung von ggplot():

library(date) 
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="x")], "weeks", 
format = "%d %b %y", freq=T, col=rgb(0,0,0,1), axes=F, main="") 
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="y")], "weeks", 
format = "%d %b %y", freq=T, main="", col=rgb(1,1,1,.6), add=T, axes=F) 
axis.Date(1, at=seq(as.Date("2011-10-10"), as.Date("2012-03-19"), by="2 weeks"), 
format="%d %b %y") 
axis.Date(1, at=seq(as.Date("2011-10-10"), as.Date("2012-03-19"), by="weeks"), 
labels=F, tcl= -0.5) 

Diese Epidemie Kurve wie unten ist:

unter Verwendung einer Lösung ggplot, vorgeschlagen von Andrie oben wird, wie folgt:

library(scales) 
library(ggplot2) 
ggplot(dat.geo,aes(x=Date_of_Onset, group=suburb, fill=suburb))+ 
stat_bin(colour="black", binwidth=1, alpha=0.5, 
position="identity") + theme_bw()+ 
xlab("Date of onset of symptoms")+ 
ylab("Number of cases")+ 
scale_x_date(breaks=date_breaks("1 month"), labels=date_format("%b %y")) 

, die wie unten eine Epidemie Kurve gibt: