Ich versuche, einen heatmap
Plot mit ggplot
's geom_tile
zu generieren. Meine Daten haben weit mehr Zeilen als Spalten.Getom_tile zum Zeichnen von quadratischen anstelle von rechteckigen Zellen
set.seed(1)
df <- data.frame(val=rnorm(100),gene=rep(letters[1:20],5),cell=c(sapply(LETTERS[1:5],function(l) rep(l,20))))
Running:
library(ggplot2)
ggplot(df,aes(y=gene,x=cell,fill=val))+geom_tile(color="white")
Wie erhalte ich die heatmap
Zellen von symmetrischen Dimensionen zu sein - Quadrate statt Rechtecke (height = Breite)? ohne die Dimensionen der Figur zu verzerren.
Aber wenn Meine tatsächlichen Daten haben viel mehr Zeilen: df <- data.frame (val = rnorm (500), gen = rep (1: 100,5), cell = c (sapply (LETTER [1: 5], function (l) rep (l, 100)))), verkleinert dies die Figur enorm. – dan
Aber ... Sie _want_ Quadrate. Ich bin mir nicht sicher, wie Sie Quadrate ohne eine lange Handlung bekommen wollen. Du könntest 'coord_flip()' es (ich würde das x & y austauschen, bevor ich das versuche, da es dasselbe ist und leichter zu merken ist). ODER Sie könnten es in 2, 3, 4 Diagramme partitionieren, aber behalten Sie die gleiche Farbskala. – hrbrmstr