Python ValueError: Spaltenindex überschreitet Matrixdimensionen

Question

Ich führe ein einfaches Python-Programm mit meinen Dateien. Dieses Programm funktioniert auf einer meiner Maschinen mit der Datei fileA.bed. Aber dieses Programm funktioniert nicht auf einem anderen Rechner mit der gleichen Datei. Ich installierte die gleiche Python-Version, 2.7.6, die gleichen benötigten Module, scipy ('0.15.1'), numpy ('1.8.2'), iced ('0.2.2-git') (gleiche Versionen in beiden Maschinen). Die Fehlermeldung ist etwas über ValueError: column index exceeds matrix dimensions (siehe unten). Könnten Sie bitte helfen, was könnte dieses Problem verursachen?

python Dense.py -b fileA.bed 

Traceback (most recent call last): 
    File "Dense.py", line 34, in <module> 
    counts = io.load_counts(args.filename, lengths=lengths) 
    File "$PATH/Python-2.7.6/venv_iced_2.2/lib/python2.7/site-packages/iced/io/_io_else.py", line 30, in load_counts 
    counts = sparse.coo_matrix((X[:, 2], (X[:, 0], X[:, 1])), shape=shape) 
    File "$PATH/Python-2.7.6/venv_iced_2.2/lib/python2.7/site-packages/scipy/sparse/coo.py", line 206, in __init__ 
    self._check() 
    File "$PATH/Python-2.7.6/venv_iced_2.2/lib/python2.7/site-packages/scipy/sparse/coo.py", line 262, in _check 
    raise ValueError('column index exceeds matrix dimensions') 
ValueError: column index exceeds matrix dimensions 

Answer 1

kann ich diesen Fehler reproduzieren, indem die Schaffung eines sparse.coo_matrix mit:

In [1075]: sparse.coo_matrix(([1,1,1],([0,1,1],[0,1,3])), shape=(2,3)) 
--------------------------------------------------------------------------- 
ValueError        Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-1075-40a6338a3244> in <module>() 
----> 1 sparse.coo_matrix(([1,1,1],([0,1,1],[0,1,3])), shape=(2,3)) 

/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/sparse/coo.py in __init__(self, arg1, shape, dtype, copy) 
    180    self.data = self.data.astype(dtype) 
    181 
--> 182   self._check() 
    183 
    184  def getnnz(self, axis=None): 

/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/sparse/coo.py in _check(self) 
    236     raise ValueError('row index exceeds matrix dimensions') 
    237    if self.col.max() >= self.shape[1]: 
--> 238     raise ValueError('column index exceeds matrix dimensions') 
    239    if self.row.min() < 0: 
    240     raise ValueError('negative row index found') 

ValueError: column index exceeds matrix dimensions 

ich es sage, dass die Matrix 2x3 sein sollte, aber eine der Spaltenwerte 3, wo, wie es sollte im [0,3] Bereich sein (weniger als 3).

Ich weiß nichts über Ihre iced Paket, oder die Daten in der Datei, die es scheinbar versucht zu laden. Aber hoffentlich gibt Ihnen das eine Vorstellung davon, wo Sie nach dem Problem suchen müssen.