R - eine bestimmte Spalte aus mehreren Dateien schneiden und binden sie alltogether

Question

ich mehrere Dateien (30, Tab getrennt), die unten wie das aussehen:

|target_id | length| eff_length| est_counts| tpm| |:------------|------:|----------:|----------:|--------:| |LmjF.27.1250 | 966| 823.427| 2932| 94.7314| |LmjF.09.0430 | 1410| 1267.430| 3603| 75.6304| |LmjF.13.0210 | 2001| 1858.430| 4435| 63.4897| |LmjF.28.0530 | 4083| 3940.430| 7032| 47.4778| |LmjF.16.1400 | 591| 448.577| 1163| 68.9761| |LmjF.29.2570 | 1506| 1363.430| 11135| 217.2770|

Ich versuche, die fünfte Kolonne zu schneiden von allen dieser Dateien 30 Dateien mit einem Befehl wie:

fifth_colum_file1 = file1.csv[ , 5]

Aber ich will den Prozess automatisiert machen.

Die Dateien, die ich arbeiten wollen, müssen alle das Muster „bs_abundance“, deshalb denke ich, ein guter Ausgangspunkt sein würde entweder laden alle Dateien, die ich mit mit einem solchen Befehl arbeiten möchten:

temp = list.files(pattern="*bs_abundance")

Oder vielleicht kann ich auch alle Tabellen laden ich mit direkt in den Arbeitsraum arbeiten möchten schon:

for(i in temp) { x <- read.table(i, header=TRUE, comment.char = "A", sep="\t") assign(i,x)
}

Dann wird, wie erklärt, ich habe die fünfte c schneiden möchten olumn jeder Datei, um sie später an eine andere Tabelle mit der gleichen Anzahl von Zeilen zu binden.

Answer 1

Hier ist eine Methode mit lapply, die davon ausgeht, dass jede Datei im Ordner die gleiche Anzahl von Zeilen hat.

# get file names 
files <- dir("temp") 
# remove one file 
files <- files[-which(files == "removeFileName")] 
# get list of vectors from 29 files 
myList <- lapply(files, function(i) {temp <- read.csv(i); temp[, 5]}) 
# get new data.frame 
dfDone <- do.call(data.frame, myList) 

Answer 2

Legen Sie die Dateien in einen Ordner. Für dieses Beispiel nennen wir es temp. Richten Sie Ihr Arbeitsverzeichnis entsprechend ein oder geben Sie den vollständigen Pfad für das folgende Beispiel an.

cols <- as.character() 
files <- dir("temp") 
for(i in files){ 
# You didn't mention a file type, but let's say it's csv 
tmp <- read.csv(files[i], header = T) 
tmp <- tmp[, 5] 
cols <- cbind(cols, tmp) 
} 

Dann können Sie einfach cbind die Spalten in cols mit Ihrem letzten Datenobjekt.