Over-Watershedding Bild

Question

Ich habe Probleme beim Trennen von Zellen in Mikroskopbildern. Wenn ich eine Wasserscheide-Transformation anwende, zerschneide ich Zellen in viele Stücke und teile sie nicht nur am Rand/Minimum.

Ich verwende den Bpass-Filter von http://physics.georgetown.edu/matlab/code.html.

bp = bpass(image,1,15); 
op = imopen(bp,strel('ball',10,700)); 
bw = im2bw(bp-op,graythresh(bp-op)); 
bw = bwmorph(bw,'majority',10); 
bw = imclearborder(bw); 
D = bwdist(~bw); 
D = -D; 
D(~bw) = -Inf; 
L = watershed(D); 
mask = im2bw(L,1/255); 

Alle Ideen würden sehr geschätzt werden! Sie können sehen, dass meine Zellen in der letzten Maske zu sehr voneinander getrennt sind.

Hier ist die Art von Bild, das ich versuche, Wasserscheide. Es ist ein 16-Bit-Bild, so dass es aussieht, als wäre alles schwarz.

Starting fluorescent image

Endbild Maske:

Ich trennte die hier manuell Zellen:

Answer 1

die Zentren der Zellen zu finden, sollte relativ sein geradlinig : ein lokales Maximum der Intensität finden. Wenn Sie diese Punkte als Samen für das Wassereinzugsgebiet verwenden, könnten Sie this tutorial nützlich finden.

Einige morphologcal Operationen, die Sie nützlich finden könnten, sind:
- imimposemin - zwingt einen Startpunkt eine lokale min zu sein, wenn der Wendepunkt-Transformation zu berechnen.
- imregionalmax - Suche nach lokalen Maxima des Intensitätsbildes.