Blast Zwei Sequenzen aus einem Python-Skript

Question

Ich habe eine Liste von Proteinpaaren und möchte die Geschwindigkeit und Genauigkeit von "BLAST Two Sequences" mit einem Smith-Waterman-Programm für die Ausrichtung vergleichen. Ich weiß, dass es eine "Blast Two Sequences" -Option auf der NCBI-Website gibt, aber ich würde es gerne aus einem Python-Skript heraus ausführen. Vielleicht hat Biopython diese Fähigkeit? Wenn ich Blast Two Sequences nicht verwenden kann, werde ich verschiedene Versionen von Smith-Waterman vergleichen, aber das wäre nicht annähernd so aufregend :) ODER wenn jemand eine andere Idee für ein großartiges Projekt in Bioinformatik hat, bei dem Proteinpaare verglichen werden Bitte zögern Sie nicht, lassen Sie es mich wissen! Vielen Dank im Voraus.

Answer 1

Chapter 7 (BLAST) des Biopython Tutorial und Kochbuch sollten Sie haben, was Sie suchen.

Das NCBBI Modul ermöglicht die Interaktion mit Online-BLAST-Tools, Bio.Blast.Applications hat eine Reihe von verschiedenen lokalen Alignment-Dienstprogrammen, und das Bio.Seq-Modul enthält Objekte zum Interagieren mit verschiedenen Sequenzen.

Biopythons documentation ist ziemlich gut und die API ist in der Regel gut geschrieben. Wenn Sie nach einem interessanten Projekt suchen, empfehle ich Ihnen, die Tutorial and Cookbook zu lesen - es ist ein guter Überblick darüber, was Biopython zu bieten hat.