Mein üblicher Ansatz wäre, eine Website als einen einzelnen Zweck zu behandeln. "Single" definiert hier ein breites Ziel- und Nutzungsmuster. Wenn die mehreren Anwendungen alle zusammen passen und synergetisch auf den Zweck der Website hin arbeiten, dann ist
mydomain.com/app1 und mydomain.com/app2 ziemlich gut.
Es bedeutet, dass sie existieren und leben, um die Hauptseite zu erweitern.
Wenn die Anwendungen nichts miteinander zu tun haben und ziemlich in ihrer "eigenen Welt" leben, dann sollten sie wahrscheinlich als eigene Subdomains existieren.
app1.mydomain.com und app2.mydomain.com
dies ermöglicht die Einrichtung auf verschiedene IP-Adressen Ihrer DNS-Strategie (Web-Server/Farmen), anstatt sie zusammen im gleichen Pool bunching.