Ersetzen von Text in einer Datei mit dem Namen der Datei

Question

im Grunde ich versuche, ein Stück Code zu schreiben, der Text mit einer Datei auf den Namen der Datei selbst ändert. Grundsätzlich habe ich viele Dateien mit EMBOSS_001 als erstes Textstück zB. (EMBOSS_001|296133516|ref|YP_003640763.1|,33.06,248,157,7,1,243,1,244,7e-31, 121). Ich möchte dies in den Namen der Datei ändern. Ich habe Dateinamen von fp1_blast_output.csv bis fp11000_blast_output.csv. Ich möchte den EMBOSS Teil des Textes innerhalb der Datei zum fp() Teil der Datei ändern. Das ist was ich habe, aber leider funktioniert es nicht!

from glob import glob 

fasta_files = glob('*output.csv') 
print(fasta_files) 

for fname in fasta_files: 
    with open(fname) as input1, open('modified/{}'.format(fname), 'w') as output: 
     data = input1.read() 
     data = data.replace('EMBOSS_001',fname.split('._blast_output.csv')[0]) 
     output.write(data) 

ultimatly, was ich mit will am Ende ist:

fp()|296133516|ref|YP_003640763.1|,33.06,248,157,7,1,243,1,244,7e-31, 121 

Answer 1

Ihr Beispiel Ein- und erwartet/gewünschtes Ergebnis ist das gleiche. Sie können die folgenden zu versuchen:

with open(fname) as input1, open('modified/{}'.format(fname), 'w') as output: 
    new_fname = fname.split('.aln_blast_output.csv')[0] 
    for line_to_change in input1.readlines(): 
     output.write(line_to_change.replace('EMBOSS_001', new_fname)) 

und bitte auch Ihre Fehler posten.

Answer 2

Funktioniert das?

from glob import glob 

fasta_files = glob('*output.csv') 
print(fasta_files) 

for fname in fasta_files: 
    with open(fname) as input1, open('modified/{}'.format(fname), 'w') as output: 
     data = input1.read() 
     new_name = fname.split('_blast_output.csv')[0] 
     changed_data = data.replace('EMBOSS_001',new_name) 
     output.write(changed_data) 

Answer 3

Allgemein gesprochen - und ich hoffe, das Ihr Problem tatsächlich adressiert, - wenn Sie einen Teil des Textes in allen CSV-Dateien mit den Namen der Dateien (abzüglich der ‚.csv‘ Teil) ändern möchten , hier ist, wie ich es angehen würde:

from glob import glob 

fasta_files = glob('*.csv') 

for fname in fasta_files: 
    with open(fname, 'r') as finput: 
     data = finput.read() 

    data = data.replace('EMBOSS_001', fname[:-4])    

    with open('modified/{}'.format(), 'w') as output:    
     output.write(data)