Grenzen zu bestimmten Variablen während curve_fit (scipy) Anwendung führt zu einem Fehler

Question

ich Grenzen auf einige der Parameter während der Kurvenanpassung, aber ich erhalte die folgende Fehlermeldung anzuwenden versuchen, wenn ich dies zu tun versucht:

Valueerror: zu viele Werte auszuzupacken

nicht jeder 2-Tupels in dem gebundenen Befehl entspricht x0, k, Verstreichen, nehmen in der sigmoidscaled Funktion in meinem Fall bzw. (Ie entsprechend auch zu p0). ?

Ich habe dann versucht, die herum spielen, in der Hoffnung, um herauszufinden, wie es funktioniert, indem das gebundene Befehl an die folgende Verringerung der ‚zu viele Werte‘ zu befreien:

bounds=((-np.inf,np.inf), (0,1))

Dann erhalte ich die Fehlermeldung :

ValueError: Inkonsistente Formen zwischen Grenzen und x0.

Was bekomme ich hier falsch?

import pylab 
from scipy.optimize import curve_fit 
from matplotlib.pyplot import * 

n = 20 #20 trials 
ydata = [0/n, 9.0/n, 9.0/n, 14.0/n, 17.0/n] #Divided by n to fit to a plot of y =1 
xdata = np.array([ 1.0, 2.0, 3.0, 4.0, 5.0]) 


#The scaled sigmoid function 
def sigmoidscaled(x, x0, k, lapse, guess): 
    F = (1 + np.exp(-k*(x-x0))) 
    z = guess + (1-guess-lapse)/F 
    return z 

p0=[1,1,0,0] 
popt, pcov = curve_fit(sigmoidscaled, xdata, ydata, p0, bounds=((-np.inf,np.inf), (-np.inf,np.inf), (0,1), (0,1)) 

#Start and End of x-axis, in spaces of n. The higher the n, the smoother the curve. 
x = np.linspace(1,5,20) 
#The sigmoid values along the y-axis, generated in relation to the x values and the 50% point. 
y = sigmoidscaled(x, *popt) 

pylab.plot(xdata, ydata, 'o', label='Psychometric Raw', color = 'blue') 
pylab.plot(x,y, label='Psychometric Fit', color = 'blue') 
#y axis range. 
pylab.ylim(0, 1) 
#Replace x-axis numbers as labels and y-axis numbers as percentage 
xticks([1., 2., 3., 4., 5.], ['C1','CN2','N3','CN4','S5']) 
yticks([0.0, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8, 1.0], ['0%','20%','40%','60%','80%','100%']) 
pylab.legend(loc='best') 
xlabel('Conditions') 
ylabel('% perceived more sin like') 
pylab.show() 

Answer 1

Das Problem Linie ist:

popt, pcov = curve_fit(sigmoidscaled, xdata, ydata, p0, bounds=((-np.inf,np.inf), (-np.inf,np.inf), (0,1), (0,1)) 

Vom documentation, bounds muss ein 2-Tupel sein von Array mag. Anstatt also die untere und obere Grenze von jedem Punkt spezifizieren, müssen Sie die untere Grenze von jedem Punkt in der ersten Array-artiges durch die obere Grenze von jedem Punkt in der zweiten Array-like, wie dies gefolgt angeben:

popt, pcov = curve_fit(sigmoidscaled, xdata, ydata, p0, bounds=((-np.inf, -np.inf, 0, 0), (np.inf, np.inf, 1, 1))) 

Nach dieser Änderung tauchte das Grundstück rechts oben!