Mit R extrahieren alle Zeilen, die eine Zeichenfolge aus einer Variablen enthalten

Question

Ich habe eine Metadatendatei als .tsv gespeichert, die ich in R lesen und als META speichern. Ich muss alle Zeilen extrahieren, die eine gegebene Zeichenfolge "männlich" enthalten, hier in der Variablen sample gespeichert.

Das vollständige Skript hat viele dieser Operationen und so ist es wichtig, dass ich das Muster in Beispiel unten speichern. Die Fehler sind in der Art, wie ich versuche zu grep.

IN <- "/home/zchadva/Scratch/output/cov" 

#metadata 
META <- read.table("/home/zchadva/Scratch/data/hipsci/rnaseq/hipsci.qc1_sample_info.20160926.tsv", header = TRUE, sep = "\t") 

#Set study/table variables 
sample <- "\\<male\\>" 
control <- "female" 

#Grep all rows containing "male" from the table META 
sample.list <- META[grep(sample, META, value=TRUE)] 

EDIT: Das hat mich näher

im Idealfall ein coloumn jedes Mal, wenn ich eine Mustersuche tun, müssen angeben, ich will nicht META$Gender verwenden, wie unsere reale Metadatendatei humungous ist. Wenn ich nicht angeben müssen, würde Ich mag Gender in einer Variablen haben

sample.list <- (META[grep(sample, META$Gender), ] 

Zum Beispiel:

**coloumn** <- Gender 
sample.list <- (META[grepl(sample, META$**coloumn**), ] 

#Table example simplified 
ID Disease Gender Cell 
JX1 ibd  male  liver 
PTY healthy male  liver 
HB3 ibd  female brain 
PO3 bbs  male  

#Desired layout in sample.list 
JX1 ibd  male  liver 
PTY healthy male  liver 
PO3 bbs  male  

jede Hilfe sehr dankbar. Ich habe versucht, dies für Stunden zu tun

Answer 1

grepl wird Ihnen bessere Ergebnisse als grep geben, da Sie den logischen Vektor verwenden können, um Ihren Datenrahmen zu indizieren.

META <- 
    data.frame(ID = c("JX1", "PTY", "HB3", "PO3"), 
      Disease = c("ibd", "healthy", "ibd", "bbs"), 
      Gender = c("male", "male", "female", "male"), 
      Cell = c("liver", "liver", "brain", "liver")) 

sample <- "male" 
control <- "female" 

META[grepl("^male", META$Gender), ] 

    ID Disease Gender Cell 
1 JX1  ibd male liver 
2 PTY healthy male liver 
4 PO3  bbs male liver