Mehrere Arrays in einer Binärdatei mit numpy lesen

Question

Ich versuche eine Binärdatei zu lesen, die aus mehreren Matrizen von Float-Zahlen besteht, die durch einen einzelnen int getrennt sind. Der Code in Matlab dies zu erreichen, ist die folgende:

fid1=fopen(fname1,'r'); 
for i=1:xx 
    Rstart= fread(fid1,1,'int32');  #read blank at the begining 
    ZZ1 = fread(fid1,[Nx Ny],'real*4'); #read z 
    Rend = fread(fid1,1,'int32');  #read blank at the end 
end 

Wie Sie sehen können, jede Matrixgröße ist Nx von Ny. Rstart und Rend sind nur Dummy-Werte. ZZ1 ist die Matrix mich interessiert

Ich versuche, das gleiche in Python zu tun, Sie folgendermaßen vorgehen:.

Rstart = np.fromfile(fname1,dtype='int32',count=1) 
ZZ1 = np.fromfile(fname1,dtype='float32',count=Ny1*Nx1).reshape(Ny1,Nx1) 
Rend = np.fromfile(fname1,dtype='int32',count=1) 

Dann muss ich durchlaufen die nachfolgenden Matrizen zu lesen, aber die Funktion np.fromfile behält den Zeiger in der Datei nicht bei.

Eine weitere Option:

with open(fname1,'r') as f: 
    ZZ1=np.memmap(f, dtype='float32', mode='r', offset = 4,shape=(Ny1,Nx1)) 
    plt.pcolor(ZZ1) 

Dies funktioniert gut für das erste Array, aber nicht liest die nächsten Matrizen. Irgendeine Idee wie kann ich das tun?

Ich suchte nach ähnlichen Fragen, fand aber keine passende Antwort.

Danke

Answer 1

Der sauberste Weg, um alle Ihre Matrizen in einer einzigen vektorisiert Anweisung zu lesen ist eine Struktur Array zu verwenden:

dtype = [('start', np.int32), ('ZZ', np.float32, (Ny1, Nx1)), ('end', np.int32)] 
with open(fname1, 'rb') as fh: 
    data = np.fromfile(fh, dtype) 
print(data['ZZ']) 

Answer 2

Es gibt 2 Lösungen für dieses Problem.

Die erste:

for i in range(x): 
    ZZ1=np.memmap(fname1, dtype='float32', mode='r', offset = 4+8*i+(Nx1*Ny1)*4*i,shape=(Ny1,Nx1)) 

Wo i ist das Array, das Sie erhalten möchten.

Die zweite:

fid=open('fname','rb') 
for i in range(x): 
    Rstart = np.fromfile(fid,dtype='int32',count=1) 
    ZZ1 = np.fromfile(fid,dtype='float32',count=Ny1*Nx1).reshape(Ny1,Nx1) 
    Rend = np.fromfile(fid,dtype='int32',count=1) 

So wie morningsun darauf hinweist, kann np.fromfile ein Dateiobjekt als Argument empfangen und Spur des Zeigers zu halten. Beachten Sie, dass Sie die Datei im Binärmodus 'rb' öffnen müssen.